[求救] colony PCR有P到 但定序無結果

看板Biotech作者 (要變成自己喜歡的模樣)時間19年前 (2007/04/04 11:58), 編輯推噓3(301)
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不好意思 這個問題我其實已經問過一次了 但是還是沒有解決 我的 insert DNA 有 846bp(PCR 得到的) 放到 yT&A 的 TA cloning vector 中(用 TA clone 接) 藍白篩選了六個 colony 做 PCR 結果都有 specific 的片段(用insert DNA的primer P) 挑了四個 colony 送定序後 結果四個都沒有 insert DNA 的序列 (用 vector 上的 M13 定序) 甚至連當初做 colony PCR 的 primer 序列都沒有 我已經試過的方法 1.換 pGEMT system 其他一樣 無效(因為我懷疑 colony PCR P 到 vector 上其他序列) 2.定序結果我有試過互補和反轉的序列了 都一樣 定序結果只有 vector 序列 3.直接抽 plasmid 用RE切 結果顯示沒有插入任何片段 4.把當初 PCR 得到的 insert 片段直接送定序 結果是正確的序列 5.另外 我們實驗室有三個人做 cloning 都發生一樣的情況 就是 colony PCR 有 band 但定序回來都只剩下 vector 序列 抱歉 問題有點長 其實我的重點就是 為何colony PCR 可 P 到 定序卻無結果? 那麼 colony PCR 究竟 P 到了什麼東西勒? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.79.56

04/04 12:26, , 1F
會不會是P到原來的insert,但該insert沒有接在vector上
04/04 12:26, 1F

04/04 12:51, , 2F
colony PCR 會有false positive的情況..抽plasmid切比較保險
04/04 12:51, 2F

04/05 19:59, , 3F
應該用M13 primer做colony PCR,用原來的primer會P到
04/05 19:59, 3F

04/05 20:00, , 4F
一些殘餘的insert DNA,而且最好抽plasmid切切看insert
04/05 20:00, 4F
文章代碼(AID): #164o9Pqv (Biotech)
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