Re: SSR在做mapping的資料..
那是某天我跟阿伯討論 隨便設計一組引子
那要如何得知這分子標誌位於哪條染色體的哪一個地方
但是如果將全部的基因組全部定序 不是太麻煩了
所以結論可以利用原位雜交法
你想知道某片段在基因組中的哪一部份
可以利用sourthern plot 利用限制脢眉切dna 跑出電泳後
其片段就可排列出他的限制圖譜 再利用我想知道的那一片段作為探針
雜合在電泳圖上所能顯影出來的條帶就是我想知的片段的位置
但這是適合於質體 病毒 噬菌體等小片段的啦
如果是更大一點的 例如低等真核生物
其基因組眉切完之後的片段就會複雜
要利用到兩組電場就是orthogonal field althernation gel electrophoresis(OFAGE)
就可以可能能找出基因位置
但是如果是基因組大於5萬kb的 例如較大的哺乳類 或是其他高等真核生物
現在技術沒辦法馬上做 但是利用原位雜交法
將染色體進行固定 鹼性處理 就可以讓dna鬆散不緊密了
再將這想知道的片段 當為探針雜合上去 就可以放射顯影
他在染色體的大概位置 這樣一來就縮小了所求的範圍
: 我想題問題，利用ssr或其方他相似原理的方法做mapping分析
: 不就是因為不知道興趣的基因或基因座位在哪裡嗎
: 然後利用ssr或多型性這種已知序列去做
: 這是假設興趣基因與已知序列緊密連鎖，然後用已知序列(如ssr)做prob雜合
: 若顯示的某長度片段與興趣的性狀常同時出現
: 大概可以說此性狀基因與已知序列聯鎖 可能位於此已知序列的附近
: 然後利用重組率等進行mapping 找出其在遺傳圖譜上的遺傳距離
: 這也就是你報告中提到以centimorgen(是這樣拼嗎 我記不清楚了)表示位置的原因
: 這是我所了解的一部分 但我也不確定正確否
1 cM相當於百分之一的重組率 這是遺傳圖譜的距離
1 bp 是物理圖譜 他是慢慢定序出來的核甘酸長度
1 cM是約略相當於1百萬鹽基對 但是不表示它們之間就等於這樣互換
只是約略而已
你完全解序某一個基因組的核甘酸序列 你只知道序列訊息
這是物理圖譜的部分
但是你還是不知道哪一部份是有意義的序列 就是說 哪一段序列才是基因
這就要藉助遺傳圖譜 才會知道哪裡是有意義的基因座
某一基因在這兩種圖譜上的相對基因是一樣的 但是絕對距離就不一樣了
兩種圖譜要相輔相成啦
: 我的問題也就是想問你那天提的可以用此類方法做mapping
: 實際狀況是怎麼做的？是否你可以找到實例
我手上有不少篇原文期刊 或是國內的國科會技術報告
利用SSR所建立的連鎖圖譜 現在的例子相當多
你想要 再跟我借吧
: 還有 你那天show的電泳圖 為何片段很少呢
: 既然是用ssr做標定 ssr在基因組中又常出現
: 那麼出現的片段應該也滿多的吧 可是那天的圖片段都很少ㄝ
: 是整個基因組的片段嗎
: 這是我的疑問？
microsatellite在真核基因組中出現頻度是每10kb的dna序列中
就有一個微衛星dna
這就說了 微衛星序列在真核基因組這麼多 是很多呀
但是那是他的總集合 內部包含了他很多不同種類了微衛星序列
各種不同單元序列 或是不同重複次數的微衛星在某一種上的出現頻度都不同
例如在植物與動物的類型就差很多
在植物中[CA]n出現頻度就很少 在動物上就很多
而且你設計一組引子 進行PCR 引子要有抓相同序列才能黏合上去
就AMP-PCR 還要同時有相反的重複序列存在 才能把這之間的區域增幅出來
而STMS的引子是特定設計位於在某一地方的 引子專一性更高了
所以增幅的片段就更少了
在amp-pcr中 所增幅出來的片段
微衛星序列在兩側 中間區域是基因組dna
所以如果這片段有差異 表示裡面有增減
那區域內的非重複序列的dna有變異
還有微衛星序列的真正功能還未知
但是我所知道的 他能參予遺傳物質的結構改變
基因調控及細胞分化等過程 有自身特異性結合蛋白
還能直接編碼蛋白質
是一種非常活躍的序列
但是這是題外話啦
要想到一樣問題 引子要如何設計
從之前的rflp的連鎖圖譜開始
或者這是一項新物種 非模式植物
研究比較少 就會進展很慢
不然隨便設計一組引子出來
就能表個體差異
還是要知道引子在哪裡 才有辦法去比較
不知道我想的對不對啦............
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