Re: SSR在做mapping的資料..
看板NCHU-AGR00作者flyingdoom (FLYINGDOOM123)時間20年前 (2004/03/10 04:17)推噓0(0推 0噓 0→)留言0則, 0人參與討論串3/9 (看更多)
※ 引述《bundle (寫這是什麼鬼呀 )》之銘言：
: SSR 是一種重複序列
: PCR增幅出來一組重複序列片段 可為一個分子標誌基因座
: 如果這分子標誌與已知的抗性目標基因是緊密連鎖
: 我就可以藉由每次都篩選分子標誌
: 判斷目標作物基因組中是否有我想要的抗性基因
: 這樣的確選拔很快
: 但是問題回到原點
: 首先我需先知道抗性基因在哪裡
我想題問題，利用ssr或其方他相似原理的方法做mapping分析
不就是因為不知道興趣的基因或基因座位在哪裡嗎
然後利用ssr或多型性這種已知序列去做
這是假設興趣基因與已知序列緊密連鎖，然後用已知序列(如ssr)做prob雜合
若顯示的某長度片段與興趣的性狀常同時出現
大概可以說此性狀基因與已知序列聯鎖 可能位於此已知序列的附近
然後利用重組率等進行mapping 找出其在遺傳圖譜上的遺傳距離
這也就是你報告中提到以centimorgen(是這樣拼嗎 我記不清楚了)表示位置的原因
這是我所了解的一部分 但我也不確定正確否
我的問題也就是想問你那天提的可以用此類方法做mapping
實際狀況是怎麼做的？是否你可以找到實例
還有 你那天show的電泳圖 為何片段很少呢
既然是用ssr做標定 ssr在基因組中又常出現
那麼出現的片段應該也滿多的吧 可是那天的圖片段都很少ㄝ
是整個基因組的片段嗎
這是我的疑問？
: 或另一方法建立一個飽和的遺傳連鎖圖譜
: 這圖譜上有相數量的的標誌 平均散佈在整個基因組中
: 我只要去篩選出抗性與感性品種之間的SSR條帶差異
: 當然有些標誌篩不出差異 有些可能會有差異
: 無差異就不談了 那造成的差異部分
: 有人說改變重複序列的數目導致造成抗性的對偶基因產生
感覺上這是探討為何重覆序列的差異與抗病性狀(或基因)有關
倒不是此法的運用原理
重覆序列應該也可用於其它性狀(基因)的mapping
但其它性狀便不一定與重覆序列的序列有關
: 這都是建立在據圖選殖的策略上
: 就是我已知一組標誌他在遺傳圖譜上的位置
: 才開始篩選
: 如果開發一組新的SSR標誌 要分析個體間微衛星序列的長度差異
: 想知這組微衛星序列在染色體的哪一位置
: 可能要利用原位雜交法
: 1980 年原位雜合技術(in stiu hybridization)的建立。
: 此技術乃直接選取一段基因的DNA以放射線標定，
: 以此為探針(probe)與展開的染色體進行雜和反應，
: 這些探針只能選取與之配對的序列成對，
: 然後再經放射線自動顯影技術，即可確定該基因在染色體上的位置。
這個方法應該是在探討此新開發的重覆序列特性及位置
但尚未到利用重覆序列來做差異性狀的mapping
此探針雜的基因應該是指重覆序列吧
因為差異性狀(也就是興趣性狀或基因的序列乃未知)
否則直接作該興趣基因的探針去雜即可知道更確切的位置
總之利用這類mapping方法就是去做未知性狀其基因的mapping
以上僅是我部份粗淺的認識 因為對於整個概念前後兜不完整
所以不知正確否 也有許多疑問
正好你專討多有著墨 因此提出討論
我覺得你的主題有很多值得探討的東西
相信你以後必是這方面的專家 加油
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