Re: [新聞] 研究造假 一句「資料丟了」就卸責？
※ 引述《Shilia (us, together)》之銘言：
: 標題: Re: [新聞] 研究造假 一句「資料丟了」就卸責？
: PCR 反應中，鎂離子的作用主要是 dNTP-Mg 與核酸骨架相互作用，並且催化聚合酶。
: 看圖比較容易懂: http://www.jbc.org/content/274/25/17395/F3.expansion.html
:
: 詳細版的聚合酶作用步驟可以參考 Critical role of magnesium ions in DNA
: polymerase beta's closing and active site assembly 這篇 2004 年 paper 的最
: 末段 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15238001 )，就可以看到 PCR 反應
: 過程為什麼緩衝液中一定要有鎂離子（濃度一般會在 0.5-5mM 之間。<1.5mM 產量會
: 降低，>2.5mM 會開始出現 nonspecific 的結果，>10mM 會抑制聚合酶作用。)
.....
: involving subtle residue motions; (8) release of the product PPi/Mg2+
: unit. Steps 1 and 2 may be interchangeable depending on which Mg2+ first
: binds to the polymerase/DNA active site.
.....
: Mismatched and matched dNTP incorporation by DNA polymerase beta proceed
: via analogous kinetic pathways 第 11 圖: http://goo.gl/DaoVF1
:
: 所以我個人對 Fig.S7 將 10mM 的鎂離子稀釋 10**6 倍後才會出現的量測圖形的看法，
.....
: 老師您如果很喜歡這個定序概念，請看一下 Nature Nanotechnology 在 2007 年就已
: 出刊的 Sequence-specific detection of individual DNA polymerase complexes
: in real time using a nanopore. UC Santa Cruz 這團隊用同樣的技術一直持續產出
: paper，到現在。
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先謝謝 Shilia 的熱心指導, Mg+參與配對合成, 最後是隨 PPi 而離開.
對於交大的這項研究, 個人有個看法:
可以參考 Nanopores as protein sensors
Stefan Howorka & Zuzanna S Siwy
對 nanopore 的報導, 這文章提到在奈米孔周圍蒸著一層金可透過 protein A 吸附
igG anti-body. 這跟交大所用的 FET 蛋白質電晶體技術是一樣的, 就是透過igG
可抓住各種不同的 大顆粒蛋白質.
交大的方法是用 igG 抓住 Fi29 polymerase , 與 nanopore 不同的是交大是量測
Fi29 polymerase 在合成雙股時的電導電流.
個人認為要做這個測試實驗是可以透過買進一套 oxford nanopore 的 minION 套
件就能利用其上的 量測電路改接到 FET 的源汲級 就可以用現成的設備量測出同數
量級的電導電流.
大陸有一篇 "纳米孔分析化学" 的特約邀稿文章也已發現利用igG 登在 2013 5月 的
Chinese Journal of Analytical Chemistry
若是使用 oxford nanopore 的成品道具改裝, 利用其現成量測設備及道具, 您說這
論文的量測細節可以公開寫出來嗎? 尤其是想申請發明專利者的看法會如何?
: 推 EagleSoul: Mark Akeson group 在這field做的很早也很猛 11/22 00:33
: → MasterChang: g大是資工背景的....講那麼專業他懂嗎？ 11/22 00:50
: 推 tainanuser: 推! 11/22 13:19
: → Shilia: M大：想要跟對岸一樣做出自己的次世代定序平台，本來就需 11/23 21:19
: → Shilia: 要懂硬體極限和軟體可以如何補強的人啊 11/23 21:20
: 推 lingon: 中國的平台...? 主要還是靠買CG的技術吧, 好像還沒看到 11/24 05:23
: → lingon: 任何可以期待的平台 11/24 05:24
: → Shilia: http://goo.gl/WRosDJ [Bio-IT World] China Introduces 11/24 17:23
: → Shilia: Its Own Sequencer (May 29, 2014) 11/24 17:23
: 推 jabari: 對岸請不期不待.. 開發是SOAP的作者群都消失了 一整個問號 11/24 18:02
: → Shilia: 台灣嚴重的內鬥才真令人不期不待吧 11/24 18:09
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我不是做這行的, 但清楚可能會碰到的量測難題. 若利用已有的成品, 改用
不同的策略可避開單股DNA在解開時移動太快, 量測反應不及, 且電極必須很
小很尖才能針對個別的ATCG量測. 如今換個方向改測合成雙股時的 Fi29
polymerase 電導, 若能控制合成的速率, 配合量測道具就能有新發明.
顯然, 整套的儀器設備投資怎能跟"因糧於敵"利用對方道具為我所用相比? 只
是在道貌岸然的學術界, 這招招式是有口難言啊!!!
迴紋針的發明是簡單而偉大. 但一個落後連煉鋼都沒有的國家, 如果連大頭針
都做不出來, 能隨手捏根硬大頭針做出有彈性的小巧迴紋針嗎?
想做高附加價值的高科技產品, 譬如能把現有核分裂原子彈加上一個聚壓裝置
及適量的Li-6組成一個核融合的氫彈嗎? 懂原理還是要有材料與道具及動手去
做. 沒有動手做纍積來的基礎, 沒有核分裂彈的協助, 要直接超英趕美造氫彈
談何容易?
在沒有夠多的經費買來道具, 最後還是希望找出途徑做成最終堪用的有價值產
品, 依然是很重要的事. 一個小又窮又落後的地區, 造一堆隨英美猛發P, 光說
不練又造不出有價值成品的土博士, 最終流浪街頭是又能如何?
※ 編輯: ggg12345 (114.43.236.204), 11/27/2014 12:57:05
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完整討論串 (本文為第 7 之 8 篇)：