作者 silverberry 在 PTT [ Biotech ] 看板的留言(推文), 共427則

[求救] NCBI 下載基因序列

[ Biotech ]22 留言, 推噓總分: +1

作者: silverberry - 發表於 2015/04/16 13:23(9年前)

7^F→silverberry: 抱歉，我可能沒有表達得很清楚，04/18 13:51

8^F→silverberry: 我下載的序列是 gene region，包括 exon 和 intron04/18 13:52

9^F→silverberry: 我想要把 exon 標成大寫，方便區分，也可以畫出04/18 13:52

10^F→silverberry: splicing map。當然一個一個對著 join 訊息把 exon04/18 13:53

11^F→silverberry: 標出來也是可以。只是想知道有沒有一開始下載時就04/18 13:53

12^F→silverberry: 會把 exon 標成大寫的方法。04/18 13:54

13^F→silverberry: 附上我將要用來畫圖的網站04/18 13:55

14^F→silverberry: http://wormweb.org/exonintron04/18 13:55

15^F→silverberry: 謝謝~04/18 13:56

22^F→silverberry: 謝謝兩位~ 受教了 ^ ^ m(_ _)m04/19 10:25

[討論] Gibson Assembly 無法成功接上

[ Biotech ]23 留言, 推噓總分: +5

作者: shunminhsu - 發表於 2015/03/28 11:40(9年前)

20^F推silverberry: 最近做了兩個 constructs (7+7.8/7+4.3 kbp)04/16 13:29

21^F→silverberry: 我同時用 Gibson Assembly 和 In-fusion 做，04/16 13:29

22^F→silverberry: 結果 in-fusion 大勝。目前正在等定序結果。04/16 13:30

23^F→silverberry: 如果你的 overlap 是 15 bp 的話可以考慮換 kit 試試04/16 13:31

[求救] cre/loxp 最大 insertion size

[ Biotech ]5 留言, 推噓總分: +1

作者: silverberry - 發表於 2015/02/27 14:11(9年前)

3^F→silverberry: 現在還在設計 crispr 的 donor vector02/27 22:57

4^F→silverberry: 所以不知道要放哪個 recombination system 進去02/27 22:57

5^F→silverberry: 如果同個染色體上沒上限，那就沒有問題了^^02/27 22:58

[求救] western blot很奇怪的髒法

[ Biotech ]9 留言, 推噓總分: +4

作者: martinyang13 - 發表於 2015/01/27 22:53(9年前)

9^F推silverberry: 請問是 PVDF or NC? 有用 Ponceau S 染轉好的膜嗎?01/28 15:16

Re: [閒聊] Genome editing - CRISPR/Cas9

[ Biotech ]4 留言, 推噓總分: +1

作者: kaifish - 發表於 2015/01/23 17:57(9年前)

1^F推silverberry: 關於 eGFP 的 copy number，我們已經確認過只有一個01/24 11:05

2^F→silverberry: copy，所以才想說用這個方法測試。01/24 11:05

3^F→silverberry: 不過 indel 3n 這個問題的確有點麻煩，我會注意。01/24 11:06

4^F→silverberry: 我會看一下 T7E1 這個方法，感謝您的建議^^01/24 11:06

[閒聊] Genome editing - CRISPR/Cas9

[ Biotech ]10 留言, 推噓總分: +1

作者: silverberry - 發表於 2015/01/23 13:47(9年前)

4^F→silverberry: 單獨的會切，也是送 cell 裡嗎? 這樣要怎麼確認有切?01/23 14:37

5^F→silverberry: 目前是做 CHO cell，之後可能會做 hES or mES01/23 14:38

8^F→silverberry: 請問是多大的 knockin? 我希望未來可以把 GFP01/24 10:49

9^F→silverberry: 放到 target gene 的後面做 reporter01/24 10:50

10^F→silverberry: 還是我先 knockin loxp 之類的序列比較適合?01/24 10:50

[期刊] 利用 artifical chromosome 做 iPS

[ Biotech ]1 留言, 推噓總分: 0

作者: silverberry - 發表於 2014/11/30 07:34(9年前)

1^F→silverberry: 已徵到~感謝版友^^12/02 12:00

[討論] 關於細胞Total DNA 萃取的問題

[ Biotech ]8 留言, 推噓總分: +1

作者: goodday06 - 發表於 2014/10/25 13:24(9年前)

6^F→silverberry: QIAGEN 的 DNeasy 抽出來主要是 30 kb, 但 up to 5010/29 04:35

7^F→silverberry: kb, 一般分析都可以用，如果要 > 50 kb 就要另外挑10/29 04:36

8^F→silverberry: kit 或是 ethanol (isopropanol) 沉澱小心抽了10/29 04:37

[求救] Gateway cloning

[ Biotech ]13 留言, 推噓總分: 0

作者: silverberry - 發表於 2014/10/05 01:35(9年前)

4^F→silverberry: 感謝樓上兩位~10/05 08:25

5^F→silverberry: 另外請問，如果我的 insert 是 pENTR 的兩倍大，10/05 08:26

6^F→silverberry: 我還是用他建議的 insert:vector = 0.5-2:1 嗎?10/05 08:26

7^F→silverberry: 還是應該反過來?10/05 08:27

10^F→silverberry: 喔不好意思，我沒說清楚，我是手冊上寫 molar ratio10/05 22:30

11^F→silverberry: b 大真是一語驚醒夢中人~10/05 22:31

12^F→silverberry: 不過因為 pENTR 我都加 1 uL，所以是調整 i 的量10/05 22:31

13^F→silverberry: 所以沒想清楚 @ @10/05 22:31

[求救] Lentivirus titer 測定

[ Biotech ]22 留言, 推噓總分: +3

作者: silverberry - 發表於 2014/07/19 15:38(10年前)

6^F→silverberry:感謝樓上，所以如果 vector 沒有 GFP 就要自己做一個07/21 00:54

7^F→silverberry:來當 titer 測定的依據的意思?07/21 00:55

8^F→silverberry:感謝大家的建議07/21 00:55

18^F→silverberry:謝謝大家的建議。比較完 Kit 和 ELISA 以後，發現07/25 12:08

19^F→silverberry:價格都不太和藹可親。GFP 的部分要跟其他同學討論一下07/25 12:09

20^F→silverberry:目前可能會先參考 paper 設計 LTR 的 primer 做07/25 12:09

21^F→silverberry:minus strong-stop cDNA 的 qPCR。07/25 12:12

22^F→silverberry:先用 viral genome 濃度做參考~07/25 12:12

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