[閒聊] Genome editing - CRISPR/Cas9

看板Biotech作者 (平行線上的交集....)時間9年前 (2015/01/23 13:47), 編輯推噓1(109)
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大家好,標題用閒聊是想聽聽大家的意見。 如果不合適的話請告訴我,我會修改 m(_ _)m 我的實驗室最近想要開始使用 CRISPRC/Cas9, 除了從 addgene 買了相對應的 vector, 為了快速地確認這個技術在實驗室是成功的, 我們決定先把有 stable eGFP transfect 的細胞裡的 eGFP 做 deletion。 根據 gRNA 設計的原理, 最後挑了四個 gRNA gRNA1 gRNA2 5'-nnnnnnnnnn 我是 eGFP nnnnnnnnnnn-3' 3'-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-5' gRNA3 gRNA4 gRNA1,2 是根據 (+) strain 設計的 gRNA3,4 是根據 (-) strain 設計的 為了確定可以把 eGFP 去掉, 除了一定要的 Cas9 以外, 打算做 gRNA1+gRNA2 gRNA1+gRNA4 gRNA3+gRNA2 gRNA3+gRNA4 四組 co-transfection 然後再看看哪一組都不亮了、並配合 FACS 跟 genomic DNA PCR 確定真的成功了。 設計這四組 co-transfection,合理嗎? 還是我們想太多了? 雖然很可能試了才知道怎麼會成功, 不知道有沒有人可以分享一些經驗^^ 謝謝 m(_ _)m -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 73.164.8.164 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1421992061.A.AFA.html

01/23 14:01, , 1F
我的做法是先確認單獨的會切,再做送一對的
01/23 14:01, 1F

01/23 14:01, , 2F
至少目前都沒失敗過
01/23 14:01, 2F

01/23 14:02, , 3F
還有你的cell line要選合適的,HeLa不是適合的
01/23 14:02, 3F

01/23 14:37, , 4F
單獨的會切,也是送 cell 裡嗎? 這樣要怎麼確認有切?
01/23 14:37, 4F

01/23 14:38, , 5F
目前是做 CHO cell,之後可能會做 hES or mES
01/23 14:38, 5F

01/23 14:42, , 6F
http://ppt.cc/D4we 我是照這protocol的做法
01/23 14:42, 6F

01/23 14:44, , 7F
knockout and knockin都是working的
01/23 14:44, 7F

01/24 10:49, , 8F
請問是多大的 knockin? 我希望未來可以把 GFP
01/24 10:49, 8F

01/24 10:50, , 9F
放到 target gene 的後面做 reporter
01/24 10:50, 9F

01/24 10:50, , 10F
還是我先 knockin loxp 之類的序列 比較適合?
01/24 10:50, 10F
文章代碼(AID): #1KmU1zhw (Biotech)
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