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作者 lingon 在 PTT [ Biotech ] 看板的留言(推文), 共141則

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[求救] 是否有抽exosome 中的RNA方法

[ Biotech ]9 留言, 推噓總分: +5

作者: t0953337796 - 發表於 2022/05/27 01:00(3年前)

4^F推lingon: exosome RNA的量太低了,分離後用scRNASeq kit來抽RNA05/27 20:12

5^F→lingon: 要做NGS的話可以用SMART-Seq system05/27 20:15

[求救] 請問有實驗室有SKOV-3 cell line嗎？

[ Biotech ]17 留言, 推噓總分: +5

作者: ok8ok8 - 發表於 2022/02/21 10:10(3年前)

11^F推lingon: 原來要買得到的cell line可以用星巴克換... 長見識了02/22 23:13

[討論] 有關NGS和real-time pcr的數據

[ Biotech ]20 留言, 推噓總分: +8

作者: mushroom3969 - 發表於 2021/03/04 22:57(4年前)

3^F推lingon: 答案是看狀況03/05 06:06

[討論] 外顯子報告請益

[ Biotech ]18 留言, 推噓總分: +4

作者: chihsam2002 - 發表於 2021/01/09 19:09(5年前)

1^F推lingon: 帶有相關因子,但變異跟疾病僅是有可能有關聯性而已01/09 20:34

全基因定序問題

[ Biotech ]14 留言, 推噓總分: +6

作者: chihsam2002 - 發表於 2020/07/23 18:56(5年前)

5^F推lingon: 就不是全基因體... 只是定序一些有關基因07/24 21:52

[閒聊] 台灣蛋白體需求

[ Biotech ]45 留言, 推噓總分: +4

作者: grazzilybear - 發表於 2020/05/23 10:15(5年前)

41^F推lingon: Proteomic 實驗貴, 分析師難找, 要收支平衡不簡單05/28 03:47

[求救] 請問k-nearest neighbors圖該怎麼判讀

[ Biotech ]13 留言, 推噓總分: +4

作者: yaes111 - 發表於 2019/10/23 16:53(6年前)

13^F推lingon: knn 是clustering algo, plot 大概是用tSNE10/29 02:35

[求救] 有關找出co-expressed genes的方法

[ Biotech ]15 留言, 推噓總分: +4

作者: premire - 發表於 2019/10/05 20:09(6年前)

7^F推lingon: TCGA有array跟RNASeq,最常用的事WGCNA,不過你想要回答什麼10/07 21:02

8^F→lingon: 什麼問題....10/07 21:02

[求救] NGS data分析

[ Biotech ]61 留言, 推噓總分: +11

作者: kaofei - 發表於 2018/09/25 18:54(7年前)

4^F推lingon: 一樓id 是從andrew Godkin 來的？09/25 22:44

9^F推lingon: denove 最怕的就是long repeat 與duplication09/26 07:00

10^F→lingon: ref seq mapping 最怕的就是用錯strain09/26 07:02

11^F→lingon: sanger最怕的就是polymorphism, indel, 與amplicon不夠長09/26 07:03

12^F→lingon: 讓前段與後段的amplicon linkage information消失掉09/26 07:04

13^F→lingon: 如果你的viral genome夠短,ref seq與de novo contig09/26 07:05

14^F→lingon: 的similarity大約99%, 那大概就沒有什麼好擔心的09/26 07:06

15^F→lingon: 如果你只是單純的想找sequence variant的話09/26 07:08

24^F推lingon: lelojack 那種狀況完全要看病毒基因體特性09/26 09:00

28^F推lingon: 60-70% mapping rate?09/27 00:47

29^F→lingon: 如果你的百分比是mapping rate 的話60-70%不算奇怪,因為09/27 00:49

30^F→lingon: non-host reads會包含你想找的病毒以外的序列, 這些可能性09/27 00:52

31^F→lingon: 很多, 如exogenous pathogen, PCR primer, adaptor seq,09/27 00:52

32^F→lingon: viral-host fusion region 都有可能, 需要仔細分析才會曉09/27 00:54

33^F→lingon: 得。09/27 00:55

34^F→lingon: 還有個可能是有另外的viral strain在裡面, 但這要回去重09/27 00:56

35^F→lingon: 做de novo assembly 分析才會比較清楚09/27 00:57

39^F推lingon: 看你怎樣enrich viral sequence,如果是以RNA extraction09/28 08:33

40^F→lingon: 轉cDNA後把viral genome PCR 出來再送序列的話, 那就看09/28 08:36

41^F→lingon: 是不是forward 與reverse PCR primer 造成的09/28 08:36

42^F→lingon: 如果沒有PCR直接把cDNA送序列,那可能就要往host-viral09/28 08:40

49^F→lingon: integration site的方向去分析09/28 08:40

50^F推lingon: 說實在的,你最好還是跟做genomics/bioinfo的實驗室合作09/28 08:43

51^F→lingon: sample prep protocol會造成很多分析上奇奇怪怪的現象09/28 08:44

52^F→lingon: 從sequence data重導出protocol上面的問題是個花時間又09/28 08:45

53^F→lingon: 複雜的步驟, 最好有專人陪你分析討論09/28 08:46

60^F推lingon: 看看是不是用nested PCR抓出病毒全長, 如果是那就大概是我09/29 15:53

61^F→lingon: 上面說的狀況, 如果不是那就需要花點時間了解了09/29 15:55

[求救] RNA去除gDNA的方法

[ Biotech ]27 留言, 推噓總分: +4

作者: yaliu - 發表於 2018/08/16 11:59(7年前)

8^F推lingon: trizol 最乾淨, 抽完再用DNase, DNase 用的次數也不要太多08/16 22:51

9^F→lingon: 用多了還是會影響RNA quality08/16 22:51

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