[閒聊] 台灣蛋白體需求

看板Biotech作者時間4年前 (2020/05/23 10:15), 編輯推噓4(4推 0噓 41→)
留言45則, 8人參與, 3年前最新討論串1/1
本身自己是在蛋白體這領域，目前在國外國家實驗室工作。因為以前在台灣的時候，很多 生物實驗室並不是很相信質譜儀所給的數據。但到了國外發現蛋白體不管在學術界或業界 似乎發展都不錯。有點好奇想問各位在生物領域的夥伴。平常實驗時會考慮使用蛋白質體 實驗幫你回答生物問題嗎？若是不會考慮主要因素是什麼？ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 71.94.223.32 (美國) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1590200159.A.E57.html
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05/23 14:31, 4年前 , 1F
沒錢啦 不然基因體蛋白質體通通做啊
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05/23 14:33, 4年前 , 2F
而且台灣其實做很多 是不是有意義的研究不知 但並不少
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05/23 14:35, 4年前 , 3F
因為你會拿到滿手資料 但下一步要做什麼很多人沒想法
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05/23 15:01, 4年前 , 4F
前置準備不易...跟RNA比我覺得是這個
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05/23 20:05, 4年前 , 5F
基因體就抽個RNA就可以送了，蛋白質體......
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05/23 20:06, 4年前 , 6F
就算你 IP 到目標蛋白，你要拿什麼當 positive control
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05/23 20:07, 4年前 , 7F
證明樣本中有 co-IP 到目標與蛋白有作用的其他蛋白？
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05/23 20:08, 4年前 , 8F
還要想辦法排除非專一IP的問題，搞個3年都不見得能解決
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05/23 23:49, 4年前 , 9F
錢應該是個問題。所以另外問題是數據分析囉？但基因
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體數據也是龐大？若是IP實驗目前許多實驗室的文章
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都證明IP已經不太是問題。相對基因體蛋白體不是才是
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05/23 23:49, 4年前 , 12F
有function 的表現甚至可以幫你看PTM?
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05/24 00:12, 4年前 , 13F
或許不是很正式的比較,我送一個pulldown鑑定約10k,RNAseq
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約30k,反而比較便宜
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說前置準備,RNA有kit,隨便60mm dish細胞收的量就可以送
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05/24 00:12, 4年前 , 16F
做蛋白鑑定,像IP可能要求起始量500ug以上,其它還有要求
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05/24 00:14, 4年前 , 17F
自己先做膠體純化,自己換buffer,或濃縮等等
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05/24 00:17, 4年前 , 18F
對許多實驗室而言,蛋白體服務就不是那麼友善
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05/24 00:29, 4年前 , 19F
RNA別說60mm dish，我用12-well單孔抽的送去廠商都誇
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05/24 00:30, 4年前 , 20F
RNA品質非常好了，但是連用100mm dish做的IP都不一定壓
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的到之前YTH證明過會有交互作用的蛋白。然後數據分析
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05/24 00:31, 4年前 , 22F
我認為反而是最不困難的，現在有太多分析可以做，在已
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經有candidate的狀況下co-IP打MASS出來的一堆蛋白中有
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那麼幾個可以和candidate的pathway扯上關係，就把那幾
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個往死裡打就好了。
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05/24 00:36, 4年前 , 26F
感謝各位解說，那如果有一個中心你們只需把樣品給他
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們後續什麼步驟都能幫你們完成，並且提供初步數據
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解釋那你們會想要跨蛋白體這領域嗎？
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推
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這樣的確很有吸引力
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05/24 01:03, 4年前 , 30F
給個樣品是很模糊的說法,是包括代做IP嗎？
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05/24 01:05, 4年前 , 31F
如果一般的protein assay的樣品可以無縫轉送服務,就可以
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05/24 01:07, 4年前 , 32F
或至少讓人不排斥使用蛋白體分析
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05/24 01:24, 4年前 , 33F
目前我知道最多的只有到可以送resin，廠商從elute開始
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05/24 01:26, 4年前 , 34F
做，如果要到送lysate，技術部門的IP能力是個考驗，然
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05/24 01:26, 4年前 , 35F
而一但口碑建立起來，這絕對有市場
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05/24 02:28, 4年前 , 36F
對，從IP開始。或是其他生物實驗只要你們做好生物
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05/24 02:28, 4年前 , 37F
的加藥或是任何動物實驗後面交給專業團隊做lysis定
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05/24 02:28, 4年前 , 38F
量等等等蛋白質體實驗。我的想法是業界通常不可能
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05/24 02:28, 4年前 , 39F
為了蛋白體實驗多訓練或聘人，若有一個core可以包
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05/24 02:28, 4年前 , 40F
辦這些事情的話可能不錯
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推
05/28 03:47, 4年前 , 41F
Proteomic 實驗貴, 分析師難找, 要收支平衡不簡單
05/28 03:47, 41F
推
05/28 13:11, 4年前 , 42F
曾經想做，收了樣本，送了蛋白質體的實驗室，但是回
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05/28 13:12, 4年前 , 43F
來的data也一頭霧水.就這樣一直放著
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推
06/11 21:20, 3年前 , 44F
就我所知 目前沒辦法做到每個protein的絕對定量 應用
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06/11 21:20, 3年前 , 45F
會受限
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