Re: [求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)
謝謝大家的解惑，但我仍然有問題XDD
若我點了NM_000118進去，我不點View table of miRNA site
我直接看下面conseved跟poorly conserved 的兩個表格，
請問我該怎麼選擇哪一個是比較好拿來當做target我的CD105的miRNA，
因為他有好多參數: 像是site-type contri- bution，3' pairing contri-
bution...
我點進去看他的定義之後，他會說選負值越高的越好...
但那麼多個參數，到底哪個要優先看?
我後來去網路上查，他說context score 針對前面幾個因子做
運算分析，意思是我只要看context score越負越好?
但後面又有context+ score percentile(>90是較好的?)
不好意思，說的很亂，我想問的是用什麼判斷依據去選擇是合適的miRNA
另外，從這邊判斷出來之後，我是否得找其他的網站反向去找這段miRNA
是否真的會target到CD105?
謝謝大家...超新手...> <
※ 引述《RickyKckao (RickyKckao)》之銘言：
: : 補充問題: 目的: 以CD105(human)為例，我想要找到可以target它的miRNA
: : 過程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG
: : 然後 我到 targetscan 首頁
: : 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 輸入ENG
: : Q1 但在3 的地方我不知道該選什麼，但我看了
: : broadly conserved/ conserved* /poorly conserved
: : 差異，在這個地方我該怎麼選 我還是沒頭緒
: : 是要選broadly conserved嘛?
: 選broadly conserved就好
: miRNA target site的序列在物種間可能有保留性
: 你選擇conserved的話只會顯示target site在物種
: 間距保留性的miRNA出來
: : Q2 假設在step3 都不選，直接按 submit 進去
: : 出現了兩個 NM_000118 (905 nt)
: : NM_001114753 (670 nt)
: : 我卻不知道該怎麼判斷哪一段好，是選較長的嘛?
: 出現兩個以上的原因是該gene可能有alternative
: splicing, 你可能要確定你要看的gene轉錄出來大
: 多是哪一個
: : Q3 然後假設點了NM_000118進去後，再來是挑選 mi-RNA
: : 應該是要選conserved 吧， conseved 應該會比poor conseved的好
: : 但為什麼他的網站還要列出poor-conseved?
: conserved代表在物種演化上, 該miRNA的調控辯演重要角色
: 所以該段target sequence被保留下來, 的確這樣看起
: 來只看conserved是比較有意義的, 但是有時候再演化過
: 程中可能演化出新的miRNA調控, 而且對target gene的
: 調控有扮演重要角色, 可是這樣的調控在其他物種卻看不到
: 我建議點進去NM_000118後, 點上方的[View table of miRNA sites]
: 把所有有可能的miRNA用table列出來, 可樣比較方便看
: 另外不要只用一個prediction tool
: 不同的tool演算法不同 出來的結果也不大相同
: tool上顯示出來的miRNA並不一定真的會target
: 沒顯示出來的也不代表就不會
: 畢竟都只是prediction 僅供參考而已
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