Re: [求救] miRNA predict (PITA, targetscan..)
: 補充問題: 目的: 以CD105(human)為例，我想要找到可以target它的miRNA
: 過程 我先利用 Entrez database去找他的gene symble :ENG
: 然後 我到 targetscan 首頁
: 在2. Enter a human Entrez Gene symbol : 輸入ENG
: Q1 但在3 的地方我不知道該選什麼，但我看了
: broadly conserved/ conserved* /poorly conserved
: 差異，在這個地方我該怎麼選 我還是沒頭緒
: 是要選broadly conserved嘛?
選broadly conserved就好
miRNA target site的序列在物種間可能有保留性
你選擇conserved的話只會顯示target site在物種
間距保留性的miRNA出來
: Q2 假設在step3 都不選，直接按 submit 進去
: 出現了兩個 NM_000118 (905 nt)
: NM_001114753 (670 nt)
: 我卻不知道該怎麼判斷哪一段好，是選較長的嘛?
出現兩個以上的原因是該gene可能有alternative
splicing, 你可能要確定你要看的gene轉錄出來大
多是哪一個
: Q3 然後假設點了NM_000118進去後，再來是挑選 mi-RNA
: 應該是要選conserved 吧， conseved 應該會比poor conseved的好
: 但為什麼他的網站還要列出poor-conseved?
conserved代表在物種演化上, 該miRNA的調控辯演重要角色
所以該段target sequence被保留下來, 的確這樣看起
來只看conserved是比較有意義的, 但是有時候再演化過
程中可能演化出新的miRNA調控, 而且對target gene的
調控有扮演重要角色, 可是這樣的調控在其他物種卻看不到
我建議點進去NM_000118後, 點上方的[View table of miRNA sites]
把所有有可能的miRNA用table列出來, 可樣比較方便看
另外不要只用一個prediction tool
不同的tool演算法不同 出來的結果也不大相同
tool上顯示出來的miRNA並不一定真的會target
沒顯示出來的也不代表就不會
畢竟都只是prediction 僅供參考而已
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◆ From: 140.112.211.155
※ 編輯: RickyKckao 來自: 140.112.211.155 (01/25 00:55)
※ 編輯: RickyKckao 來自: 140.112.211.155 (01/25 01:00)
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01/25 02:37, , 1F
01/25 02:37, 1F
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