Re: [求救] DNA純化方法 (不用phenol去除protein)
※ 引述《seal0413 (seal)》之銘言：
: 我不知你要看的protein和DNA的interaction
: 哪個是已知或哪個是未知的
: 我想針對你的實驗目的不同
: 可選擇的實驗方法也不同
: 假設是針對已知的DNA片段和已知的protein
: 而且只是要探討interaction或者是還有哪些protein和此protein
: 共同作用在此DNA片段
: 你或許可以考慮用chromatin IP
我現在要做的 就是chromatin IP的變形
以前是用antibody去針對有興趣的protein做IP 純化出目標蛋白
找出其binding的DNA
而我要做的 是直接純化出所有的DNA（已經有用甲醛將protein固定）
然後在純化出被固定的protein 而可被質譜分析
==
老師原本是打算直接用酒精沈澱 挑出成絲狀的DNA 經過wash後洗掉沒被固定的protein
想法上是可行的 但是實際上......
我學長之前做出來發現 即使沒有用甲醛固定的DNA 而只單純經過酒精萃取
依然有太多protein的污染 也就是ctrl組的background太強
經過SDS-PAGE和silver stain發現 有或沒有甲醛固定的結果幾乎一樣（因此尚未做質譜）
==
據我理解 由於phenol對於protein疏水性殘基有親和力
因此經過phenol/chloroform會把已經甲醛固定蛋白質的DNA也被帶往離心後的水層交界處
所以必須找其他方法純化出genomic DNA
目前我知道的 好像可以用hydroxyapatite column利用HPLC方式來做分離
但是這樣成本高
（另外我也不知道有沒有更適合的column可以用）
目前希望是有拋棄式的小型column(beads)或kit可以使用
但是我不知道有沒有合適的產品可以使用
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推
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