[爆卦] DeepMind開發的AlphaFold解決了高懸48年

看板Gossiping作者 (jack)時間3年前 (2020/12/01 15:46), 編輯推噓137(142推 5噓 36→)
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https://deepmind.com/blog/article/alphafold-a-solution-to-a-50-year-old-gran d-challenge-in-biology Christian B. Anfinsen在1972年諾貝爾化學獎的獲獎感言中提出了一個假設:理論上蛋 白質的氨基酸序列應該完全決定其結構。這個假設顯示我們用1維氨基酸序列就能預測蛋 白質3維結構。 然而蛋白質在進入3維結構前，理論上可折疊方式的數量是天文數字，用暴力計算來列舉 一種蛋白質的所有可能結構需要的時間比宇宙的年齡還長。 DeepMind公司為此開發了AlphaFold 2，用來解開蛋白質折疊問題-其複雜度比解決圍棋 問題的AlphaGo(複雜度10^171)高出129個數量級。這個AI一直以來受到"先射箭後畫靶" 的作弊質疑，因此DeepMind決定接受馬克斯普朗克研究所蛋白質進化學系主任Andrei L upas提出的挑戰：預測古細菌的膜蛋白。 十年來科學家雖然獲取了這個蛋白質的X光數據，但是一直無法理解它。AlphaFold 2輸 出了該蛋白質詳細圖像後，科學家用半小時進行驗證，實驗結果完全符合AlphaFold的預 測。 AlphaFold 2系統的訓練方式如下:研究員把折疊蛋白質認作是一個空間圖，殘基是節點 ，邊緣連接著非常接近的殘基。之後建立一個基於注意力機制的神經網路系統，並進行 端到端訓練。 AI會試圖解釋這個圖的結構，同時對它構建的隱式圖進行推理。這個推理過程還會用到 生物學已知的知識進行完善(Ex.同源序列,多序列比對,氨基酸殘基對)。AlphaFold還使 用了內部可靠度指標來判斷結構中哪些部分是可靠的。重複這過程，該系統能在幾天內 確定正確結構。 研究員還在擁有17萬個蛋白質結構的數據庫上訓練AI。訓練進行了幾週的時間，使用大 約128個TPUv3內核（相當於100-200個GPU）。 AlphaFold 2的GDT(蛋白質結構預測的評估標準)平均得分為92.4，這表示誤差不超過一 個原子大小，計算生物學家John Moult說："某種意義上，蛋白質折疊問題已經解決了。 " 哈薩比斯表示:"DeepMind背後的終極願景一直是構建通用AI，利用通用AI來極大地加速 科學發現的步伐，幫助我們更好地了解周圍世界。" -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 42.73.15.77 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Gossiping/M.1606808811.A.F69.html
推
12/01 15:47, 3年前 , 1F
跟我想的一樣
12/01 15:47, 1F
推
12/01 15:47, 3年前 , 2F
嗯嗯，跟我想得差不多
12/01 15:47, 2F
→
12/01 15:48, 3年前 , 3F
八卦應該不可能有人不懂吧 這個蠻好理解的
12/01 15:48, 3F
推
12/01 15:48, 3年前 , 4F
啊發狗：不堪一擊
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推
12/01 15:48, 3年前 , 5F
我就說吧。早就說過了
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推
12/01 15:48, 3年前 , 6F
恩恩 和樓下基因演算高手想得差不多
12/01 15:48, 6F
推
12/01 15:48, 3年前 , 7F
跟我想的差不多
12/01 15:48, 7F
推
12/01 15:48, 3年前 , 8F
所以比阿發狗還猛嗎
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推
12/01 15:48, 3年前 , 9F
我喝醉的時候給的提示終於讓他們聽懂了嗎
12/01 15:48, 9F
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12/01 15:48, 3年前 , 10F
蛋白質摺疊要幹嘛? 會比較好吃嗎
12/01 15:48, 10F
推
12/01 15:48, 3年前 , 11F
嗯～不懂
12/01 15:48, 11F
→
12/01 15:48, 3年前 , 12F
何時會幫人腦植入晶片
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推
12/01 15:48, 3年前 , 13F
好狂
12/01 15:48, 13F
推
12/01 15:49, 3年前 , 14F
啊這不是我在樓梯間遇到隔壁阿婆隨口聊天的內容嗎
12/01 15:49, 14F
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12/01 15:49, 3年前 , 15F
讚
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12/01 15:49, 3年前 , 16F
對阿 我之前就這樣覺得
12/01 15:49, 16F
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12/01 15:50, 3年前 , 17F
恩恩 你終於進步了 我很欣慰
12/01 15:50, 17F
推
12/01 15:51, 3年前 , 18F
會不會算到saddle point
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12/01 15:51, 3年前 , 19F
恩恩 跟我想的差不多嘛
12/01 15:51, 19F
推
12/01 15:51, 3年前 , 20F
差一個原子就差多少了 但也還是很猛就是了
12/01 15:51, 20F
推
12/01 15:52, 3年前 , 21F
嗯
12/01 15:52, 21F
推
12/01 15:52, 3年前 , 22F
生醫重返榮耀
12/01 15:52, 22F
推
12/01 15:53, 3年前 , 23F
太強了就對很多鏢靶藥物的開發會很有幫助
12/01 15:53, 23F
推
12/01 15:53, 3年前 , 24F
台灣生科的環境，懂得人應該不多吧
12/01 15:53, 24F
推
12/01 15:54, 3年前 , 25F
寫中文好嗎
12/01 15:54, 25F
推
12/01 15:54, 3年前 , 26F
嗯嗯
12/01 15:54, 26F
推
12/01 15:55, 3年前 , 27F
早就說了
12/01 15:55, 27F
推
12/01 15:55, 3年前 , 28F
給病毒胺基酸序列 可以決定三維空間結構了 生化武器大突破
12/01 15:55, 28F
推
12/01 15:55, 3年前 , 29F
這超屌 如果每次預測都準的話以後蛋白質結構都不用做了
12/01 15:55, 29F
→
12/01 15:56, 3年前 , 30F
新藥(新病毒)開發的速度可以快上好幾倍
12/01 15:56, 30F
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12/01 15:56, 3年前 , 31F
一群垃圾人類 嘿嘿
12/01 15:56, 31F
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12/01 15:56, 3年前 , 32F
人類能逃的時間越來越少了
12/01 15:56, 32F
推
12/01 15:56, 3年前 , 33F
其實這應該算是資工領域 跟生物關聯性不大
12/01 15:56, 33F
推
12/01 15:57, 3年前 , 34F
這樣還有需要folding@home嗎
12/01 15:57, 34F
推
12/01 15:57, 3年前 , 35F
下一步是癌症疫苗了吧
12/01 15:57, 35F
推
12/01 15:58, 3年前 , 36F
這在生物領域算核彈級的突破
12/01 15:58, 36F
推
12/01 16:00, 3年前 , 37F
差多了好嗎
12/01 16:00, 37F
推
12/01 16:00, 3年前 , 38F
我用1050ti訓練一分鐘就得到結果 Deepmind太弱了吧(X)
12/01 16:00, 38F
推
12/01 16:00, 3年前 , 39F
天啊！
12/01 16:00, 39F
還有 104 則推文
推
12/01 19:35, 3年前 , 144F
我就說吧 跟我想的一樣
12/01 19:35, 144F
推
12/01 19:38, 3年前 , 145F
這個人是不是撿到我的筆記==
12/01 19:38, 145F
推
12/01 19:53, 3年前 , 146F
嗯嗯嗯 當時我也是這樣想的
12/01 19:53, 146F
推
12/01 19:55, 3年前 , 147F
哈哈簡單
12/01 19:55, 147F
推
12/01 20:01, 3年前 , 148F
嗯嗯 我就知道是這樣..
12/01 20:01, 148F
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12/01 20:04, 3年前 , 149F
我也這麼覺得
12/01 20:04, 149F
推
12/01 20:05, 3年前 , 150F
生科元年再叫我
12/01 20:05, 150F
推
12/01 20:10, 3年前 , 151F
我每天跑的folding@home可以停了？
12/01 20:10, 151F
推
12/01 20:19, 3年前 , 152F
我當初就是電腦等級太差才算到現在 不然就是我發表的
12/01 20:19, 152F
推
12/01 20:30, 3年前 , 153F
恩恩, 我也是這樣覺得, 現在終於成功了
12/01 20:30, 153F
推
12/01 20:31, 3年前 , 154F
I told you
12/01 20:31, 154F
推
12/01 20:39, 3年前 , 155F
嗯嗯我也是這樣想的
12/01 20:39, 155F
推
12/01 20:46, 3年前 , 156F
看不懂啦
12/01 20:46, 156F
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12/01 20:48, 3年前 , 157F
我當初也是這麼說
12/01 20:48, 157F
推
12/01 20:54, 3年前 , 158F
推
12/01 20:54, 158F
推
12/01 20:54, 3年前 , 159F
這有點猛
12/01 20:54, 159F
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12/01 21:43, 3年前 , 160F
嗯本來就是這樣的
12/01 21:43, 160F
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12/01 21:46, 3年前 , 161F
靠 人類的生化技術是不是要進入新的階段了
12/01 21:46, 161F
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12/01 21:51, 3年前 , 162F
人類透過AI又接近上帝一大步了 應該說我們要當上帝了
12/01 21:51, 162F
推
12/01 21:59, 3年前 , 163F
推
12/01 21:59, 163F
推
12/01 22:13, 3年前 , 164F
天網
12/01 22:13, 164F
推
12/01 22:30, 3年前 , 165F
我小學就解決了
12/01 22:30, 165F
推
12/01 23:42, 3年前 , 166F
就是用AI回推重建結晶圖譜
12/01 23:42, 166F
→
12/01 23:43, 3年前 , 167F
F@H直接改去算AI可能比算力學模擬有用了
12/01 23:43, 167F
推
12/01 23:57, 3年前 , 168F
太神奇了吧，所以我說那個人型電腦什麼時候才要問世
12/01 23:57, 168F
推
12/02 00:02, 3年前 , 169F
太強啦
12/02 00:02, 169F
推
12/02 00:03, 3年前 , 170F
跟我想的一樣
12/02 00:03, 170F
推
12/02 00:10, 3年前 , 171F
本來就是這樣啊
12/02 00:10, 171F
推
12/02 00:12, 3年前 , 172F
怎麼一直有人問折疊是甚麼，連結裡面有影片說明啊
12/02 00:12, 172F
推
12/02 00:25, 3年前 , 173F
我就知道
12/02 00:25, 173F
推
12/02 01:17, 3年前 , 174F
中文好難啊
12/02 01:17, 174F
推
12/02 09:32, 3年前 , 175F
蛋白質結構預測的評估標準)平均得分為92.4，這表示誤差
12/02 09:32, 175F
→
12/02 09:32, 3年前 , 176F
不超過一個原子大小，這是什麼意思？
12/02 09:32, 176F
推
12/02 09:35, 3年前 , 177F
人類跟AI比起來像個智障
12/02 09:35, 177F
推
12/02 10:44, 3年前 , 178F
好像很厲害耶
12/02 10:44, 178F
推
12/02 11:03, 3年前 , 179F
不超過一個原子 應是指平均不超過 所以部份完全符合
12/02 11:03, 179F
→
12/02 11:04, 3年前 , 180F
部份推測完全符合 有些還是有幾個誤差
12/02 11:04, 180F
推
12/02 14:15, 3年前 , 181F
我還以為只有我知道 想不到八卦版這麼多人懂
12/02 14:15, 181F
推
12/02 18:29, 3年前 , 182F
嗯嗯嗯 跟我想的一樣
12/02 18:29, 182F
推
12/03 10:57, 3年前 , 183F
猛！！
12/03 10:57, 183F
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