Re: [閒聊] 這篇paper有點油

看板C_Chat作者 (N^2)時間3年前 (2021/01/15 01:53), 3年前編輯推噓73(74推 1噓 29→)
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※ 引述《Keelungman (金坷拉是新世界的神)》之銘言： : 這篇paper有點油，我都不看的peko : https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
: https://www.researchgate.net/publication/308271627_Application_of_Classical_Si : mulations_for_Computation_of_Vibrational_Properties_of_Free_Molecules 此篇 Paper 是計算化學領域的文章，刊登在歐洲的期刊 PCCP 上 (physical chemistry chemical physics, 2016 Impact Factor: 4.123) 計算化學簡而言之就是用電腦模擬的方式，來提供一些實驗無法或不易觀測到的物理性質 有時候也是節省成本、找出可能的最佳實驗條件的方法，畢竟只需要計算資源和電費。 個人讀paper習慣順序為：標題－＞摘要－＞圖－＞結論 我們一起用這個結構來看看這篇文章 標題：Application of Classical Simulations for Computation of Vibrational Properties of Free Molecules 先做個簡單的名詞解釋 Vibrational Property 振動性質，通常是在講分子振動模式，舉例來說分子吸收了特定波長紅外線後會產生特定 的振動模式，大家最常用到的微波對於水分子加熱也是如此（微波其實是讓水分子轉動） Free Molecules 硬要翻譯就是自由的分子，指不受到其他原子作用力影響的分子， 通常是在氣態(gas phase)，李遠哲院士的交叉分子束方法中的分子即為此狀態， 可以微觀精確地研究化學反應中的分子動力機制。 舉例來說，一杯水的紅外線光譜會是在很廣的波長區間內有一大包訊號， 然而數個水分子的紅外線光譜則是在很狹窄的區間內有一尖銳訊號， 如圖：https://imgur.com/iiTrSkd
（圖A:液態水vs五個水分子團） 繼續讀到 Abstract 他使用了"classical" molecular dynamics (MD) 和 Monte-Carlo (MC) 與之對照的是經過 quantum corrections 的 PI-MD, MD with QTB 好耶！太多名詞了講下去應該會沒完沒了，我們直接跳到圖四吧！ ============================================================================== https://i.imgur.com/RGAlfCE.jpg
Christina 代表著 S=C=S 分子的中心碳(C)原子所在位置，而揮舞的雙手代表著硫(S)原子 雙手往上下揮動代表 bending vibration， 伸直出拳的方向則代表 stretching　vibration， 是兩種不同的振動模式 而在圖中背景的位能面(potential energy surface)上紫色區域代表硫原子最適位置 即要給予足夠的動能(振動)才能跨出位能面上的低點區域。 BP86 是 Density funtional theory (DFT, 1998年諾貝爾獎) 的函數之一， 6-31G 是 Basic set, 描述電子軌域的範圍， 通常研究越多電子的原子要使用越大的Basic set ============================================================================== 回到 Abstract，其中講到了經過量子效應修正後的古典計算方法就能有不錯的表現 實際上看到 Table 4 也是如此，對比 MC vs MC+QA，發現 l(C-S) 和 l(S---S) 兩項 vibration 的距離經過量子效應修正都更接近實際的實驗數據(Exp.) 這也是結論要講述的概念，但這邊用了一個字 a "posteriori" quantum corrections 代表我們該選用哪一種 quantum corrections 也是得憑經驗， 沒有人一開始就知道該怎麼做，往往需要花費不少代價做前置測試，才摸索出正確的道路， 正像是鳳凰院凶真不斷地跳躍世界線，才抵達真正的結局。 Molecular Dynamic (MD):分子動力模擬，隨機方向動能後計算受力與能量， 　　　　　　　　　　　 在時間間隔選取得很小的情況下能量與結構計算才會精準 Monte-Carlo (MC):蒙地卡羅模擬，蒙地卡羅為因賭博成名的城市， 　　　　　　　　 以機率判定來決定是否移動計算位能面，適合描述低點 DFT:1964年由 Walter Kohn 和 Pierre Claude Hohenberg 發現電子密度和能量(結構)有一對一的函數關係 題外話，李遠哲之父為李澤藩，最近他的部分畫作在《不朽的青春》北師美術館展出 展覽免費但只到這周日，歡迎大家有空去看！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 123.194.179.237 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/C_Chat/M.1610646836.A.C20.html
推
01/15 01:57, 3年前 , 1F
原來如此peko
01/15 01:57, 1F
推
01/15 01:57, 3年前 , 2F
沒錯我也是這麼認為的
01/15 01:57, 2F
推
01/15 01:58, 3年前 , 3F
你不要這麼專業好不好
01/15 01:58, 3F
推
01/15 01:59, 3年前 , 4F
嗯 跟我想的差不多
01/15 01:59, 4F
推
01/15 02:00, 3年前 , 5F
雖然看不懂 但還蠻意外助手是有代表東西的 XD
01/15 02:00, 5F
推
01/15 02:02, 3年前 , 6F
恩 原來如此 我知道了peko
01/15 02:02, 6F
推
01/15 02:03, 3年前 , 7F
所以你覺得這篇有什麼意義（聽說評委很愛問這個）
01/15 02:03, 7F
→
01/15 02:04, 3年前 , 8F
而且這篇結論被問這種問題的機率應該又高了不少
01/15 02:04, 8F
不要拿當年被問的問題荼毒別人阿XD 這篇的貢獻其實是他教你用簡單省錢的方法做出不錯的結果 當年CCSD和MP2這種精確但貴的方法一跑就是一兩個月起跳， 用他的方法可能花一天計算結果就出來了
推
01/15 02:05, 3年前 , 9F
至少我知道計算化學是研究如何設計好的模擬系統來減少
01/15 02:05, 9F
推
01/15 02:05, 3年前 , 10F
嗯嗯 跟我想的一樣
01/15 02:05, 10F
→
01/15 02:05, 3年前 , 11F
需要做的實驗了
01/15 02:05, 11F
→
01/15 02:05, 3年前 , 12F
這份研究的貢獻是什麼peko
01/15 02:05, 12F
→
01/15 02:05, 3年前 , 13F
只是這篇涉及微觀世界的成分太高 我就看不是很懂了
01/15 02:05, 13F
→
01/15 02:05, 3年前 , 14F
這份研究的問題為什麼重要peko
01/15 02:05, 14F
推
01/15 02:06, 3年前 , 15F
嗯嗯跟我想的一樣
01/15 02:06, 15F
→
01/15 02:06, 3年前 , 16F
我被問的問題4這樣
01/15 02:06, 16F
推
01/15 02:07, 3年前 , 17F
貢獻跟為什麼重要其實算是同一個問題吧XD
01/15 02:07, 17F
噓
01/15 02:08, 3年前 , 18F
紅明顯，這張圖是真的嗎，怎麼就直接登上去沒被擋下來
01/15 02:08, 18F
推
01/15 02:08, 3年前 , 19F
說中文==
01/15 02:08, 19F
→
01/15 02:09, 3年前 , 20F
@I11MOR https://bit.ly/2MWoKeC 真的啊 連結在這
01/15 02:09, 20F
→
01/15 02:09, 3年前 , 21F
然後就算是真的caption也應該要寫清楚圖代表什麼意思?
01/15 02:09, 21F
→
01/15 02:10, 3年前 , 22F
researchgate上面的pdf應該是別人上傳的?
01/15 02:10, 22F
→
01/15 02:10, 3年前 , 23F
出版社官網沒學術IP不給下載QQ
01/15 02:10, 23F
我用學術網路載下來看也是的同樣的圖喔peko
推
01/15 02:12, 3年前 , 24F
推peko
01/15 02:12, 24F
推
01/15 02:12, 3年前 , 25F
差別就 強調成果和強調目的吧 老闆滿在意這個的Q.Q
01/15 02:12, 25F
推
01/15 02:12, 3年前 , 26F
我了解妳說的意思了。但我用Google Scholar 找到的也是
01/15 02:12, 26F
→
01/15 02:12, 3年前 , 27F
連結到ResearchGate的那個
01/15 02:12, 27F
推
01/15 02:13, 3年前 , 28F
某個網站上有 但我想我沒法在ptt上透漏是哪個網站
01/15 02:13, 28F
→
01/15 02:13, 3年前 , 29F
雖然我支持那網站理念不過目前那好像也算盜版
01/15 02:13, 29F
推
01/15 02:13, 3年前 , 30F
s開頭的那個？
01/15 02:13, 30F
→
01/15 02:14, 3年前 , 31F
我最多只能說 它和某知名成人網站名稱很像
01/15 02:14, 31F
→
01/15 02:14, 3年前 , 32F
恩恩
01/15 02:14, 32F
推
01/15 02:14, 3年前 , 33F
我比較好奇他中間放的圖reviewer問的時候他是怎麼回的
01/15 02:14, 33F
推
01/15 02:14, 3年前 , 34F
4-10不管這個吧@@"
01/15 02:14, 34F
推
01/15 02:15, 3年前 , 35F
回說是個 Cartoon Character就好了吧
01/15 02:15, 35F
→
01/15 02:15, 3年前 , 36F
好像也對 反正在八卦都能直接講的樣子
01/15 02:15, 36F
推
01/15 02:20, 3年前 , 37F
01/15 02:20, 37F
還有 32 則推文
還有 4 段內文
推
01/15 06:34, 3年前 , 70F
ab initio那作法確定用量子電腦做比較快了嗎？
01/15 06:34, 70F
推
01/15 06:56, 3年前 , 71F
原來如此peko
01/15 06:56, 71F
推
01/15 07:20, 3年前 , 72F
我比較好奇用了角色要不要列在reference
01/15 07:20, 72F
推
01/15 07:24, 3年前 , 73F
ptt是學術論壇(驚覺
01/15 07:24, 73F
推
01/15 07:29, 3年前 , 74F
嗯嗯 跟我想的一樣
01/15 07:29, 74F
推
01/15 07:32, 3年前 , 75F
嗯嗯，那我是完全懂了peko
01/15 07:32, 75F
推
01/15 08:05, 3年前 , 76F
看不懂啦
01/15 08:05, 76F
推
01/15 08:26, 3年前 , 77F
原來如此peko
01/15 08:26, 77F
推
01/15 08:29, 3年前 , 78F
嗯 原來如此
01/15 08:29, 78F
推
01/15 08:32, 3年前 , 79F
嗯嗯原來如此peko
01/15 08:32, 79F
推
01/15 08:34, 3年前 , 80F
哦哦哦peko
01/15 08:34, 80F
推
01/15 08:39, 3年前 , 81F
跟我看的差不多peko
01/15 08:39, 81F
推
01/15 08:43, 3年前 , 82F
Sci-h.........
01/15 08:43, 82F
推
01/15 08:50, 3年前 , 83F
李澤藩美術館免費參觀啊
01/15 08:50, 83F
原來如此，我最愛當免費仔了peko
推
01/15 09:05, 3年前 , 84F
原來是這樣阿peko
01/15 09:05, 84F
推
01/15 09:19, 3年前 , 85F
助手我老婆
01/15 09:19, 85F
推
01/15 09:44, 3年前 , 86F
版權沒問題啦，我不相信你各位論文用lena圖的有playboy授
01/15 09:44, 86F
→
01/15 09:44, 3年前 , 87F
權
01/15 09:44, 87F
推
01/15 09:46, 3年前 , 88F
不用考試的數理總是看起來特別有趣
01/15 09:46, 88F
年輕時曾經把電腦想像成魔鏡，覺得未來有一天電腦一定能回答所有人類想問的問題
→
01/15 09:52, 3年前 , 89F
這沒有版權問題？
01/15 09:52, 89F
→
01/15 09:53, 3年前 , 90F
那我以後也來用
01/15 09:53, 90F
推
01/15 09:54, 3年前 , 91F
我是覺得reviewer沒要求他換個比較簡單的圖挺妙的
01/15 09:54, 91F
推
01/15 09:56, 3年前 , 92F
至少我會願意讀 我書報每天都是IR 頻譜分析QQ
01/15 09:56, 92F
推
01/15 09:59, 3年前 , 93F
恩我也是這樣覺得
01/15 09:59, 93F
→
01/15 10:37, 3年前 , 94F
El Psy Congroo
01/15 10:37, 94F
El Psy Congroo!
推
01/15 10:49, 3年前 , 95F
太好了不需要IBN5100也能計算了
01/15 10:49, 95F
推
01/15 11:52, 3年前 , 96F
就說西恰一定行
01/15 11:52, 96F
推
01/15 11:57, 3年前 , 97F
點數挺高的
01/15 11:57, 97F
推
01/15 13:06, 3年前 , 98F
靠 這paper給過真的鰻猛的
01/15 13:06, 98F
如果是我老闆一定先罵我一頓然後叫我換圖XDDDD
→
01/15 13:16, 3年前 , 99F
沒錯啊 跟我想的差不多
01/15 13:16, 99F
推
01/15 15:09, 3年前 , 100F
好 你下次meeting再報一次
01/15 15:09, 100F
推
01/15 15:10, 3年前 , 101F
這一切都是stein gate的陰謀
01/15 15:10, 101F
推
01/15 17:04, 3年前 , 102F
我逐漸理解一切peko
01/15 17:04, 102F
推
01/15 17:43, 3年前 , 103F
恩恩原來如此，供三小
01/15 17:43, 103F
※ 編輯: Nsquare (123.194.179.237 臺灣), 01/15/2021 19:58:19
推
01/17 03:25, 3年前 , 104F
01/17 03:25, 104F
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