Re: [問卦] 基因定序一樣=同一個來源?
※ 引述《rrr518 (小籠包獵人)》之銘言：
: 大家安安
: 今天來說說 基因序列 的故事
: 希望大家能花點時間看完
: 我會盡量寫得簡單~ 讓大家都看得懂
: 希望會減少大家一些誤會資訊的機會
: ※ 引述《A1an (再說)》之銘言：
: : ※ 引述《powyo (光子郎)》之銘言：
: : : 這個說法是騙文組的吧 就算一樣又怎樣？是同一個人傳播嗎？
: : : 所以現在是要收集三種不同病毒株 才能升三級嗎?
: : : 阿印度2000多萬例確診 幾乎都是同一種病毒株 所以來源都是同一人?
: : : 這邏輯怎麼看都有問題吧
: : 短短的發文讓人滿滿的「你到底在問甚麼？」
: : 印度2000多萬例幾乎是同一種病毒株是什麼意思？
: : 在印度肆虐的B.1.617現在本身都有三個變異株了，[1]
: : 印度變異株的特色就是在L452R和E484Q雙重突變，
: : 但是其中的B.1.617.2沒有E484Q突變[2]，
: : 你還以為全印度的印度變異株都長一樣嗎？
: 我們先來定義一下「XX病毒株」是什麼意思
: 以南非病毒株為例 主要有3個在Spike(棘蛋白)上
: 分別是 K417N E484K N501Y
: 這個的意思是
: 在第417個位置上 K變成了N
: 在第484個位置上 E變成了K
: 在第501個位置上 N變成了Y
: 人們發現帶有這三個位置變異的病毒株採集到的比例越來越高
: 因此將有這三個特徵的病毒株取一個名字
: 因此 這只是其中一個「分支」
: 但這並不代表 所有叫南非病毒株的病毒
: 都只有這三個突變
: 在南非病毒株這個大分支下
: 還有很多小分支
: 分別帶有 L18F, D80A, D215G, R246I, A701V
: 其中我記得我當初分析的時候
: D215G 和 R246I 是互斥的
: 因為是不同的小分支 各自演化出來的變異
: 這表示 如果今天分別採集到病毒
: 其中一隻帶有 主要的 K417N, E484K, N501Y
: 則 我們會將他歸類為 南非病毒株
: 而如果採集到的兩隻南非病毒株
: 一隻有 D215G， 另一隻則有 R246I
: 那麼!!!
: 因為這兩個突變是互斥的
: 表示他們分別是來自不同的小分支
: 因此就知道是不同的感染途徑
: 如果 都是南非珠 而且也都有 D215G
: 那麼光看這裡可以猜測來源一樣
: 而且要注意的是
: 這邊還只看Spike一個蛋白質而已唷!
: 這個基因佔全部序列只不過15%左右
: 全部基因一起看會有更多不同的變異特徵
: 像是Orf1ab(另一個蛋白質)有 T265I, K1655N, H2799Y ..... 以下省略
: 何況這裡只列出 比例多的 且 改變功能的
: 當我們實務上在比較基因時
: 還會看到每一隻病毒 多多少少都會差一兩個位置
: (全長大概30000，只要有一個位置不一樣都可以看得出來)
: 就跟每個人的長相有差一樣 XDDDD
: 小結論1: XX病毒株只是某一個分支的代號，並不表示全部完全一樣
: 小結論2: 病毒或多或少都會差一兩個位置，因此要「完全一樣」不是那麼容易
: 要是不同的感染源，又要一樣基因，機率更低，低到可以忽略不考慮。
: 那麼 到底怎麼看傳染順序呢?
: 因此假設今天有一個病人身上採集到 AATAAAAAAA
: 被他傳染的採集到 AATAAAAAAA
: 因為在第三個位置都是T 所以很有可能就是被第一個病人感染的
: 之後的病毒會繼續繼承第三個位置的T
: 但自己也會有一些不一樣
: 像是可能會變成 AATAAACAAA
: 那麼我們因為先看到了T 就會知道大概是同一條途徑的
: 所以在與 參考序列(最早期的病毒序列)比較後
: 我們可以繪製出關係圖如下
: https://i.imgur.com/BaNBixs.png
: (加上序列方便大家比較)
: 從這裡可以看到 Seq1 與 Seq2完全一樣 (在同一個線上，沒有往外長)
: 而Seq3則是從Seq1與Seq2演化出來的 (在同一個分支內，但是樹枝往外長)
: 只要我們有了這個關係圖
: 再加上 發病日期、採集時間 等等
: 就可以大致上知道傳染的順序
: 所以並不是看是不是都是英國株 或者都是南非株
: 就知道是不是同一個感染源
: 我們會去詳細看到底改變了那些位置
: 並結合時間、地理資訊等等 才會做出是不是同一個感染源的結論
: : 然後RNA反轉錄病毒是一種鹼基很容易複製錯誤的病毒，
: : 鹼基錯誤夠多可能會造成三個鹼基一組的codons突變，
: : codons的突變夠多又可能會導致棘蛋白、膜蛋白、封套蛋白的改變，
: : 這三種層級的突變是不一樣的，
: 這裡錯誤量有點大
: 三個鹼基會編碼成胺基酸
: 怎麼組成胺基酸的呢? 這個可以查密碼子表
: 我們舉個例子
: 鹼基 = 胺基酸
: TTT = F
: TTC = F
: TTA = L
: TTG = L
: CTT = L
: CTC = L
: CTA = L
: CTG = L
: 我們可以看到 TTT 跟 TTC 長得不一樣
: 但是都做出 F (苯丙胺酸)
: 因此如果一個序列 從TTT變成TTC
: 在序列上看起來不一樣 可是做成蛋白質後會長一樣
: 這樣子就不會改變蛋白質功能
: 因此我們稱為 synonymous (同義突變)
: 但是當 TTT 變成 TTA
: 查表可以得知 會從 F 變成 L
: 這時候會改變蛋白質結構 因此功能上就會有不同
: 可能是功能不一樣 也可能是功能變強變弱
: 總之這樣子確實有改變的突變我們稱為 nonsynonymous (異義突變)
: 所以我們可以知道
: 這樣子的改變 並不是累積多少突變才會造成的改變
: 而是改變到「會改變的位置」 就會改變
: 再來是 不論是棘蛋白(Spike)、膜蛋白(Membrane)、封套蛋白(Envelope)
: 層級上都一樣
: 好啦其實我不太懂這個怎麼分層級 XDDDD
: 突變就是隨機突變的
: 我們發現集中在某些蛋白上(例如Spike)是因為選擇壓力
: 但是由於是隨機突變的
: 所以不管是甚麼蛋白質，只要不太影響生存
: 就都會看得到突變
: 但是實務上
: 關注的層級的確會有差別
: 我們會特別關注 Spike 是因為這個棘蛋白他是負責跟人類的ACE2(血管收縮素轉化酶2)結合
: 這個ACE2是細胞膜表面的受體
: 簡單來說就是病毒進入細胞要透過ACE2
: 所以人們才會如此關注這個Spike
: : 就算是同樣的變異株，
: : 鹼基序列可能就不一樣了，
: : 只是改變的鹼基沒有改變到例如關鍵的L452R和E484Q這類突變。
: 通常一個受到關注的變異株
: 會被冠上一個尊稱(?)
: 就是因為它改變了關鍵性位置
: 所以都會帶有這些關鍵性位置啦 而且這是他們的特徵
: → james732: 要突變到什麼程度才會影響疫苗的效果？ 05/13 12:02
: 這個問題不錯 相信也是大家最想知道 也最不懂的 XDD
: 如同前面說的 其實就是看有沒有變到關鍵點位
: 我們先來看看 關鍵點位是怎麼找出來的
: 整條 Spike上面其實還可以再更細分
: https://i.imgur.com/iV2LHuy.png
: 其中RBD是結合的重要區段
: 在RBD裡面還有更重要的 叫做RBM
: 這邊就是真正結合的區域了
: https://i.imgur.com/Qh5DYv5.png
: 綠色的是人類的ACE2，紫色的是SARS2的RBM
: 我們可以看到幾個關鍵的位置被標記出來
: N501, Q493, S494, L455, F486
: 當然這只是其中一個模擬 (還有很多其他篇有標記更多位置)
: 所以只要突變是在Spike上 我們都會仔細看一下
: 如果突變位置坐落於 RBD 上，更要注意
: 如果 突變的位置 坐落於RBM上? 那真的得很小心很小心了
: 我們可以知道 RBM的範圍在 438 ~ 506
: 所以我們來看看 各個主要的病毒株
: 標顏色的是在RBM範圍內
: 南非: K417N, E484K. N501Y
: 英國: N501Y
: 印度: E484Q, L452R
: 因此 這些才會有名字 因為是特別被注意的
: 而只落在這裡面 還不夠當成會不會影響疫苗的依據
: 科學家還會做實驗 推測這個位置帶來的改變是什麼
: 還有很多複雜的分析 就不多解釋ㄌ
: 當然 我們只要知道在RBM裡面就要特別關注就是了
: : 武漢肺炎病毒的序列大概每11天就會突變一次，
: : 這不是我說是Science說的，[3]
: : 如果序列不是真的一樣、是指揮中心唬爛的，
: : 那當然是另外一回事，
: : 如果序列真的一樣，
: : 來自跟華航完全不同的感染源，
: : 不知道已經跟華航感染源分道揚鑣多少個11天的病毒株，
: : 出來完全一樣的序列乾屋摳寧，理組哥？
: : [1] https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.html
: : [2] https://reurl.cc/nn93nd
: : [3] https://science.sciencemag.org/content/371/6528/466
: 文章有點長
: 先感謝耐心看完的鄉民唷~
: 大概是這樣子
: 謝謝大家
不過看完這篇讓我滿滿的疑惑
在做這次屏東的傳播鍊時定序做了好久好久才出來
如果從這篇的看來
我要確定是否是delta時 我根本不必全部找啊
我重點只找三個點就可以了
看完就可以發現是否是delta了啊！
那昨天拖了好多天才公布到底是...？
另一個疑問是
國外都可以詳細到公布大部分新增社區感染
到底是屬於那種優勢變異
可見他們應該是針對確診的病毒進行大規模的
基因定序？
那台灣看起來好像是CDC阿中認為有必要
才會做是嗎？
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