[求救] 去除SDS方法

看板Biotech作者 (sam)時間13年前 (2011/06/02 17:29), 編輯推噓4(4推 0噓 8→)
留言12則, 7人參與, 最新討論串1/3 (看更多)
目前實驗設計是要用IP的方式將目標protein抓下來 跑SDS-PAGE後挖點 再用Mass的方式來看interaction protein 因為使用的是culture cell (293T) 怕IP下來的protein量太少Mass會打不到 所以目前打算將protein從protein A/G agarose上 用 1% SDS elute下來 再將4個sample(10cm dish)一起通microcon來濃縮 但問題是我怕濃縮後鹽類濃度及SDS濃度會過高 不知道microcon能不能去除SDS 亦或是有其他方法可以去除SDS呢? 目前實驗面臨最大難題就是protein量不夠 Mass打出來的結果都在不可信區間(用Mastco搜尋 band都在綠色區間) 雖然score都有25以上 不知道這些到底能不能用 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.64.74
推
06/02 20:14, , 1F
Dialysis?
06/02 20:14, 1F
推
06/02 20:40, , 2F
為什麼不用 pH 2.0 glycine buffer elute?
06/02 20:40, 2F
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06/02 22:22, , 3F
glycine elution的效果好像沒有SDS好
06/02 22:22, 3F
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06/02 23:08, , 4F
2樓的重點是pH2.0，不是glycine，Protein A/G用pH2.0就OK
06/02 23:08, 4F
推
06/03 00:07, , 5F
mass分數低不是蛋白量不夠，是挖膠後純化過程有汙染吧。
06/03 00:07, 5F
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06/03 01:46, , 6F
請問上MS前到底是 in gel or in solution digestion?
06/03 01:46, 6F
推
06/03 13:51, , 7F
microcon是用分子量大小去篩 大部分的鹽和SDS都會流過去
06/03 13:51, 7F
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06/03 13:52, , 8F
不過要注意你要看的蛋白分子量大小 不要選到太大的 不然
06/03 13:52, 8F
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06/03 13:52, , 9F
你要看的蛋白也流過去了...
06/03 13:52, 9F
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06/04 00:41, , 10F
謝謝大家的寶貴意見~上mass是in gel
06/04 00:41, 10F
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06/04 16:28, , 11F
可以用Z-tip desalt?
06/04 16:28, 11F
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06/05 00:22, , 12F
zip tip 我怕lose太多peptide
06/05 00:22, 12F
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文章代碼(AID): #1DvrWK-R (Biotech)
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