Re: sonication做大片段的碎片
※ 引述《leondemon (狗狗)》之銘言：
: 目前我的genomic DNA要做sonication
: 但是跟一般ChIP不一樣的是：DNA片段大小不同
: 我目前獲得的genomic DNA主要的大片段有兩種：3100Kb和282Kb
: 但是我希望它們碎片化的長度為：20~150Kb之間
: 於是似乎sonication就變得非常困難 因為要控制變成那麼長的片段似乎不容易
: 於是來問問看有沒有什麼技巧 可以避免過度碎片化 並保持碎片的長度範圍穩定？
: 另外要確定長度 是否一定就要使用pulse field Gel electrophoresis?
: sample準備或是進行過程有要注意的嗎？
依據genomic DNA抽取方法的不同
一開始還沒開始打斷前的長度可能就不同
一般來說幾十K到上百K都有可能吧
所以一開始你應該先確定剛抽取完的長度有多少
如果一開始就太碎 之後就甭談了
如果不用sonication
我自己知道的辦法大概就是做pippeting
你可以分別pippeting比如 100, 200, 300, 400, 500甚至更多次後
一起拿去跑膠來比較shearing後的大小
另外 要比較大小的話
就我所知應該就只有跑PFGE這個方法
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◆ From: 140.112.60.201
推
06/30 21:02, , 1F
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