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討論串sonication做大片段的碎片
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#4
Re: sonication做大片段的碎片
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者leondemon (狗狗)時間17年前 (2008/07/02 13:59), 編輯資訊
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突然想起 利用syringe 好像可以破細胞和gentle降低lysate viscosity（DNA斷碎）. 這樣應該就不用sonication了. 但是我沒用通過syringe 不知道要用多少G的針頭比較適合？. 有人有通syringe的經驗嗎？. --. ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.c
#3
Re: sonication做大片段的碎片
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者ookubo (天空不善于憂傷)時間17年前 (2008/07/01 19:46), 編輯資訊
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之前有個老師說他用超音波打碎DNA片段. 而片段大小大約是1KB左右的樣子（詳細的大小我有點忘記了）. 他是用超音波去打，打一定的時間就拿出來跑電泳觀察片段大小多大，. 等到大部分的片段都是他要的大小的時候，記下當時累積的焦耳數（超音波機器的功能）. 之後每次要打的話 就是設定相同的焦耳數去作用就好
#2
Re: sonication做大片段的碎片
推噓1(1推 0噓 0→)留言1則，0人參與, 最新作者MrCAKE (Keep Working)時間17年前 (2008/06/30 20:07), 編輯資訊
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依據genomic DNA抽取方法的不同. 一開始還沒開始打斷前的長度可能就不同. 一般來說幾十K到上百K都有可能吧. 所以一開始你應該先確定剛抽取完的長度有多少. 如果一開始就太碎 之後就甭談了. 如果不用sonication. 我自己知道的辦法大概就是做pippeting. 你可以分別pippe
#1
sonication做大片段的碎片
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者leondemon (狗狗)時間17年前 (2008/06/30 19:18), 編輯資訊
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目前我的genomic DNA要做sonication. 但是跟一般ChIP不一樣的是：DNA片段大小不同. 我目前獲得的genomic DNA主要的大片段有兩種：3100Kb和282Kb. 但是我希望它們碎片化的長度為：20~150Kb之間. 於是似乎sonication就變得非常困難 因為要控制
(還有26個字)
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