Re: [問題] 偽基因
大家好，最近這主題很夯呀，我也來回一下。
切入正題－－－為何偽基因存在呢？
首先我們該問的是：到底多少DNA是為基因呀？
就以往經驗來說，其實無法轉錄再轉譯成蛋白質的基因並非是無用的，
那只能說是我們以前的知識太膚淺了，例如我們現在都已經知道miRNA、siRNA的作用，
而且還有ribozyme呢！在我們心中只有gene這個大哥的年代，
它們都曾經被我們當成了廢物一般的存在；
此外DNA上還有許多的promoter、silencer、enhancer、insulator，
對於這些小老弟們，我們還是太淺了，越前龍馬曾說：「你還差得遠呢」。
我相信(我猜)，其實偽基因的量並沒有我們想像的那麼多，
我也相信，其實偽基因的存在不是沒有原因的，
但這就跟 C-value paradox 和 G-value paradox 一樣，沒人知道！
在這邊(板上)想找到解答，是不太可能的，大家只是討論討論兼騙騙P幣罷了，
但是我認為其中還是有一些脈絡可循的，
而且真相也只有一個(但我並不會賭上我爺爺的名字)，
例如前文回應中有人舉出 E. coli 遺棄抗藥性基因的例子，
我認為這放在人類身上並不妥，雖然兩組基因都可能承受極大壓力，
但我認為對於遺棄的代價而言並不等價，或許可以這樣想：
「當抗藥性基因並不是那麼容易可以獲得，又佔了整個基因組的二分之ㄧ」的時候，
我猜細菌不會那麼容易將它丟棄，又或者在機率上，它會被丟棄一部份，
但這樣需要再利用的時候，是不是也可以不用那麼長的時間再重新恢復？
人類也是一樣的，或許某些基因(假設)已經真的完全無用了，
但在某一天需要再被啟動的時候，加上一個AUG或UAG也許就能拯救整個種族的延續；
甚至很神秘的，某些序列可能真的無用的「序列」，
卻提供了一些基因之間必要的間隔，防止錯亂、錯讀、TF結合應有的立體空間等等，
(光TF的結合位置以及相關調控就夠人們研究許久許久了)
另一種可能是偽基因提供了我們某些基因的副本，上文有人舉出程式設計師的例子，
我做個延續：你會把要改寫的一大段程式註解起來，還是徹底刪除呢？
哪個在出問題的時候比較有效率，我想這是很明白的；
此外我想說的是，當你用JAVA、.NET或高階C++的時候(此即譬喻高等生物)，
難道還會像組語(譬喻上文所舉的 E coli.)一樣那麼在乎編譯後的大小嗎？
我會把時間用在開發更好的程式，而不再是計較每個位元組，
但是這兩種語言都生存到了現在，一如人類和 E coli. 都存在於這個世界－－
誰也不淘汰誰，智慧設計論我倒不太信的，但自然是智慧的(無論如何，我是信了)，
因為自然總是走向有利的一方，有利是智慧的；我感嘆這自然設計師，不僅僅會用
if () {} else if () {} else {}
對於 for, while... 也挺順手，甚至 break, next 也不吝嗇，
至於 goto 與巢狀迴圈更耍的我們這菜鳥DNA程設人員團團轉。
我相信我們都走在完美的路上，但或許終究到不了，
那過程可能需要比宇宙壽命還長的時間，
然而請不要感嘆自己的不完美，因為我們只是時間滾滾洪流中的一粒沙……
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