Re: [問題] 基因定序
※ 引述《yucmbuu (yucmbuu)》之銘言：
: : 讀一篇用電腦演算法來處理小片段重組成原序列的論文
: : 它說到input(即小片段)會有error，想弄清楚這是怎麼回事
: 錯誤的可能性在於基因體中常含有重複片段存在, 一旦重複片段位於各定序
: 片段的兩端或重複片段的長度超過所定序片段的長度, 常會造成前後順序錯
: 誤, 另外, 形成可一次定序長度片段時(大約600~800個鹼基), 因為結構或
: 酵素切割的問題, 會使得某些片段很難或永遠不會被選擇到且被定序, 因此
: 實際上不可能利用這種方法得到全長的基因序列
這段稍微補完一下
實務上基因體定序就是由這樣的方法得到90%以上的序列
只是由於上述的理由,會有個再也上不去的極限
之後就得手動試運氣補上這些gap
通常使用的方法是從cDNA library開始慢慢試... Orz
所以最花時間的就是這個finalise的階段
如果gap不多的話,有些人會直接放棄
在paper上註明: "由於xxx因素,所以最後只得到n段contig的序列...blah..."
然後就直接發表了 XD
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※ 編輯: nightcatman 來自: 163.1.159.233 (12/19 18:20)
討論串 (同標題文章)
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