Re: [問題] 基因定序
※ 引述《Arton0306 (科學主義)》之銘言：
: 【問題】：
: 基因定序的方式
: http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer.shtml
: 我從這個知道有很多方式，但大都是小片段組成原來序列的問題
: 那那個小片段是如何知道的？
利用核酸定序儀定序
: 這小片段是不是無法100%確定？錯誤率很高嗎??
端看序列分析的次數, 因為使用酵素放大訊號, 酵素本身會有正確率的問題,
錯誤機率大約每一萬個到十萬個可能會錯一個.
: 【問題起因】：
: 讀一篇用電腦演算法來處理小片段重組成原序列的論文
: 它說到input(即小片段)會有error，想弄清楚這是怎麼回事
錯誤的可能性在於基因體中常含有重複片段存在, 一旦重複片段位於各定序
片段的兩端或重複片段的長度超過所定序片段的長度, 常會造成前後順序錯
誤, 另外, 形成可一次定序長度片段時(大約600~800個鹼基), 因為結構或
酵素切割的問題, 會使得某些片段很難或永遠不會被選擇到且被定序, 因此
實際上不可能利用這種方法得到全長的基因序列
: 【個人看法】：
: 我想大概是用化學方式，還是用電子顯微鏡去看??
目前都是利用酵素放大螢光訊號
: 如果後者有辦法做到，定序似乎可直接用影像辨視軟體去處理?!
當然可以, 不過時間上太浪費了, 不但需要固定, 而且核酸本身很容易因為
外力造成斷裂, 更不要說核酸會因為氫鍵形成各種非線性結構
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