Re: [討論] 張老師的報告
※ 引述《kwelin0627 ("守"住最愛)》之銘言：
: Protein Science2002那篇是以intact protein為主
: Fig2,3 是利用ESI-MS去觀察protein的folding和unfolding state
: 當protin unfolding時,所有AA露出來的時候
: 在ESI噴灑過程就很容易帶電
: 所以看到的unfolding的charge比folding高
: 另外在fig2他就moniter 他的folding state和unfolding state的分布,算出Tm
: 這個部分主要是跟CD的data比較(Fig3,4)
: Fig4是說當protein denaturation越嚴重的時候,CD angle算出來會越低
: Fig5去monitor他的Tm
: (不過我到現在還不是很清楚他為什麼要用那兩種藥劑讓active site有東西)
: (知道的人跟我說一下吧!!)
dihaloethane(如dichloroethane)是常用的有機溶劑之一
他對人體會造成許多毒性,其中之一是會與glutathione的SH group反應,
形成Cl-CH2-CH2-glutathione,而此分子的剩下的Cl group又可與thioredoxin的
SH group反應造成thioredoxin的alkylation,進而inactivate thioredoxin
因此作者在這兩篇paper就用此glutathione衍生物來研究它是如何造成酵素失活
: 比出來的結果是oxi-TRX差3-5度, red-TRX 差10
: (他後面有討論原因可是我不太想看,所以大家各自表述吧!!)
: Fig6,就是做整各intact protein的H/D exchange
: 最下面那個peak是當所有的protein中的H都被交換的分子量
: 中間那一些是只不同時間內交換的程度
: 他文中有敘述哪些會被先交換及他的交換結果和分子量的shift是吻合的
: (一開始交換會是先AA side change, 當到conformation blocken時amide bond才可以
: 開始交換,所以他可以去算較易交換的H數目)
: 另外有提到當今天是EX2 type mechanism(K-1>>K2)交換較慢
: 所以他的'peak只一個peak, 有兩各peak的是走EX1 type mechanism這是屬於交換比較快
: 的部分(K2>>K-1)
: Fig7,就是做thermal effect的實驗,也是一樣的原理(同上,但是peak的情況為什麼不依樣
: 我也很困惑)
因為隨溫度的上升,oxi-TRX refolding的能力越來越低,因而由EX2慢慢轉變成EX1
(Fig6的實驗溫度是固定在50度C,而fig7是在60度以上才有看到不同的profile)
: Fig8是要比較四種不同enzyme的結構是否有所差異
: 結論就是Red-TRX結構較鬆散,Oxd-TRX較緊密
: (廢話,一個是有disulfide bond 一個沒有)
: 但是fig8B的圖我看不太懂因為理論上back exchange應該會使D的組成越來越低
: 可是他的圖卻越來越高
: 所以我不太了解這個部分
他是把side chain上的deurerium洗掉之後再去測剩下的deuterium含量
所以D的組成一樣是越來越高
老實說我不知道他放這個data幹麼@@
: 總而言之,MS的方法只能說是進一步confirm 你在CD或是NMR上面看到的data
: 這是很小一群做直譜的人在做的事
: 我也不太清楚老師怎麼這麼有興趣做這個??
: 不懂~~~
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