Re: [討論] 張老師的報告
我大概簡單整理一下這兩篇paper
若是還有人有興趣要了解的可以稍微看一下
這兩篇基本上應該算一篇
他只不過是用不同的approach去看thioredoxin這個protein的conformation
先講比較簡單的那一篇Biochemistry 2001
這篇是以peptide的level去探討
著重的技術應該是在他把protein做D2O exchange 20sec後立刻切protein
then CID-MS/MS,藉由每個peptide片段所產生的b ion的不同
可以算出交換的程度
舉例:HDYANG若這段peptide進行交換後
會有好幾種可能,若有交換,他特定的b ion就會不一樣
利用所產生b ion peak height (or area我不確定這篇用什麼)
在和原本若是完全沒交換的分子量的peak面積相比
就可以算出exchange rate
(簡單的說:未交換:分子量為n, 交換:分子量為n+m(要看他有多少H)兩個pair的
peak相比就是他那些表的來源)
所以他可以針對每個AA算出哪一個較易交換
而可劃出和NMR(這篇paper就是跟NMR比)
這個方法是相較CD或是NMR較精確
因為他可以看到的是精確結構變化
但是有些問題存在
(1).一個是不是所有b ion都可以看到那你就算不到特定AA的exchange rate
(2).因為在CID的過程中proton是屬於一種mobile的狀態,有可能你已經交換的D
跑到沒交換的amide bond造成錯誤的判斷(這個在conclusion部分有寫)
但是他的優點包括:不用像NMR或是CD需要純度那麼高的樣品,
而且他的sensitivity比較高,能看到protein的MW目前應該也是所有儀器最高的
所以才會有人嘗試用這個方法去看
這是這篇的重點
好累~~
繼續打下一篇的重點
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