Re: [討論] 張老師的報告
Protein Science2002那篇是以intact protein為主
Fig2,3 是利用ESI-MS去觀察protein的folding和unfolding state
當protin unfolding時,所有AA露出來的時候
在ESI噴灑過程就很容易帶電
所以看到的unfolding的charge比folding高
另外在fig2他就moniter 他的folding state和unfolding state的分布,算出Tm
這個部分主要是跟CD的data比較(Fig3,4)
Fig4是說當protein denaturation越嚴重的時候,CD angle算出來會越低
Fig5去monitor他的Tm
(不過我到現在還不是很清楚他為什麼要用那兩種藥劑讓active site有東西)
(知道的人跟我說一下吧!!)
比出來的結果是oxi-TRX差3-5度, red-TRX 差10
(他後面有討論原因可是我不太想看,所以大家各自表述吧!!)
Fig6,就是做整各intact protein的H/D exchange
最下面那個peak是當所有的protein中的H都被交換的分子量
中間那一些是只不同時間內交換的程度
他文中有敘述哪些會被先交換及他的交換結果和分子量的shift是吻合的
(一開始交換會是先AA side change, 當到conformation blocken時amide bond才可以
開始交換,所以他可以去算較易交換的H數目)
另外有提到當今天是EX2 type mechanism(K-1>>K2)交換較慢
所以他的'peak只一個peak, 有兩各peak的是走EX1 type mechanism這是屬於交換比較快
的部分(K2>>K-1)
Fig7,就是做thermal effect的實驗,也是一樣的原理(同上,但是peak的情況為什麼不依樣
我也很困惑)
Fig8是要比較四種不同enzyme的結構是否有所差異
結論就是Red-TRX結構較鬆散,Oxd-TRX較緊密
(廢話,一個是有disulfide bond 一個沒有)
但是fig8B的圖我看不太懂因為理論上back exchange應該會使D的組成越來越低
可是他的圖卻越來越高
所以我不太了解這個部分
總而言之,MS的方法只能說是進一步confirm 你在CD或是NMR上面看到的data
這是很小一群做直譜的人在做的事
我也不太清楚老師怎麼這麼有興趣做這個??
不懂~~~
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