作者 kaofei 在 PTT 全部看板的留言(推文), 共829則

[求救] 請推薦照膠系統

[ Biotech ]5 留言, 推噓總分: +1

作者: kaofei - 發表於 2024/12/22 18:19(1年前)

4^F→kaofei: 謝謝大大的分享，目前波士特漲價到9萬了orz...至於薪水...01/06 01:04

[問題] paper刊出後發現錯誤

[ AfterPhD ]10 留言, 推噓總分: +3

作者: kaofei - 發表於 2020/01/13 21:48(6年前)

10^F→kaofei: 是不會影響到結論，數字的應該也還好，明白了，謝謝大家！01/15 10:59

[求救] NGS data分析

[ Biotech ]61 留言, 推噓總分: +11

作者: kaofei - 發表於 2018/09/25 18:54(7年前)

5^F→kaofei: 回一樓，對host read就是宿主的sequence09/26 00:50

6^F→kaofei: 想請問二樓為什麼不認為可以組出高品質的genome？09/26 00:51

7^F→kaofei: 移除host reads後我們實驗的兩種病毒剩下的Reads分別是09/26 00:51

8^F→kaofei: 26跟48%左右，coverage也都有1000以上，這樣也無法保證嗎?09/26 00:53

25^F→kaofei: 回lingon大大，其實我在看對方給的data時有個疑問，就是09/26 22:12

26^F→kaofei: de novo組出的contig對回ref.相似度有99%以上，但是如果用09/26 22:12

27^F→kaofei: non-host reads回貼ref.時，百分比卻降到60-70% 這合理嗎?09/26 22:13

36^F→kaofei: 謝謝大大們的解釋。想在問一個問題，就是我們在定序病毒09/28 08:16

37^F→kaofei: 兩端的時候發現序列都會不正確大約各少10個mer左右，這是09/28 08:17

38^F→kaofei: NGS定RNA的限制嗎，我們的病毒是有5' cap跟3' polyA tail09/28 08:18

54^F→kaofei: 我們跟實驗室合作，我們只負責純化足量的RNA，後續library09/29 15:15

55^F→kaofei: 製備跟其他的就是對方實驗是負責了。會問這個問題是我發現09/29 15:16

56^F→kaofei: 序列有出入後跟對方實驗室問，他們過去也有做過一個ss+RNA09/29 15:17

57^F→kaofei: 病毒也有類似的狀況，去查了其他的paper才發現這似是常態09/29 15:18

58^F→kaofei: 所以如果想用NGS定病毒全長，還是要搭配其他的技術才能獲09/29 15:19

59^F→kaofei: 得兩端的序列因對方實驗室也不清楚為什麼所以上來問問XD09/29 15:19

[求救] macrophage毒殺能力測試

[ Biotech ]14 留言, 推噓總分: +5

作者: satan317 - 發表於 2018/03/06 04:01(7年前)

7^F推kaofei: 樓上是讓你去跑flow 如果不想跑也可以讓MQ吃yeast然後用03/11 18:27

8^F→kaofei: 眼睛看有些dye可以幫你區別yeast是活還是死，換言之你出03/11 18:27

9^F→kaofei: 來看吞噬能力，還看真的“毒殺”能力03/11 18:27

10^F推kaofei: 出來-->“除了”03/11 18:28

[求救] Picodrop台灣代理商

[ Biotech ]2 留言, 推噓總分: +1

作者: kaofei - 發表於 2017/11/25 13:51(8年前)

2^F→kaofei: 喔喔喔喔謝謝樓上!!11/26 22:31

[求救] 有人將ligation mix不小心凍去-20過嗎

[ Biotech ]9 留言, 推噓總分: 0

作者: kaofei - 發表於 2017/10/04 21:49(8年前)

2^F→kaofei: 我也是這樣想的…，但實在是沒發生過類似的事所以有點緊張10/04 22:12

3^F→kaofei: orz10/04 22:12

6^F→kaofei: 我放4度作用，都直接丟冷藏…只是那時候想太快以為自己要c10/05 20:29

7^F→kaofei: hloroform extraction了…就進-20了10/05 20:29

9^F→kaofei: 有耶好像影響不大，覺得走運…10/06 15:13

[閒聊] 如果Poly A tail沒有以A作結

[ Biotech ]37 留言, 推噓總分: +6

作者: kaofei - 發表於 2017/09/18 21:01(8年前)

4^F→kaofei: 用primer induce poly A不行嗎@@？我看paper是這樣弄得...09/18 23:06

5^F→kaofei: 我印象中poly A是用來保護mRNA的，但不確定會不會影響轉譯09/18 23:10

11^F→kaofei: 想用來做transient expression of the targed protein09/19 09:06

23^F→kaofei: 想請問樓樓上會有差是因為甚麼呢? 3'UTR太長或序列錯嗎 ><09/20 12:37

35^F→kaofei: 謝謝大家提供的意見XD 我看到paper上polyA後面會接的RE09/24 22:16

36^F→kaofei: 切位包括BamHI跟NotI，前者會留一個T，後者留GC，看來是可09/24 22:16

37^F→kaofei: 行的，但我自己的會多4個bp，所以就很好奇這影響會有多大09/24 22:17

[求救] 電轉後細胞會aggregate

[ Biotech ]13 留言, 推噓總分: +2

作者: kaofei - 發表於 2017/09/05 11:16(8年前)

2^F→kaofei: 我有看到這個說法，也看到有人說可以加DNase來避免，但不09/05 11:19

3^F→kaofei: 知道是否真的可行XD" 或我有辦法後處理把他們鬆開嗎?09/05 11:20

6^F→kaofei: 我就是用1000ul的tip能吸的都吸起來，但我沒用medium09/05 11:58

7^F→kaofei: 去wash cuvette下次會記得...所以泡跑不要吸，鼻涕樣物呢?09/05 11:59

Re: [求救] phenol-chloroform的貯存時間...

[ Biotech ]17 留言, 推噓總分: +5

作者: kaofei - 發表於 2017/07/31 16:47(8年前)

2^F→kaofei: 但我跑膠沒有斷光耶...不過Comb那邊亮亮的讓我覺得有點怪07/31 18:08

6^F→kaofei: 沒有耶..因為看有的protocol沒寫想說也許不必要...orz07/31 22:14

7^F→kaofei: 我以為ivt挺貴的..可能我有加cap吧，平均一個rxt要7k多啊.07/31 22:15

14^F→kaofei: 是說表現系統嗎? 啊我其實是要用來Rescue ssRNA病毒的...08/03 21:12

15^F→kaofei: 欸我算錯了，是700多XDDDDDDDDDDDD" 阿好白癡08/03 21:16

[求救] phenol-chloroform的貯存時間...

[ Biotech ]11 留言, 推噓總分: +5

作者: kaofei - 發表於 2017/07/23 22:53(8年前)

6^F→kaofei: 也有人加3M sodium acetate但我不曉得跟Ammino有甚麼差07/24 08:49

7^F→kaofei: 所以，PCI放這麼酒還是可以用的嗎？是否沒變紅就是沒氧化07/24 08:50

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