非常非常感謝版上各位高手的幫助
試了很久之後發現
很有可能不是子機設定的問題
是程式本身平行化的問題
以至於雖然分配了更多的thread 可是效能卻無法提升
另外想請教一下
我們的 scripts檔是這樣子寫的
echo "#!/bin/sh" >> "$homename"scripts.txt
echo "#PBS -N "$filename"" >> "$homename"scripts.txt
echo "#PBS -e "$filename".err" >> "$homename"scripts.txt
echo "#PBS -o "$filename".txt" >> "$homename"scripts.txt
echo "#PBS -q s2" >> "$homename"scripts.txt
echo "#PBS -l nodes=s2:ppn=12" >> "$homename"scripts.txt
echo "cd "$homename"" >> "$homename"scripts.txt
echo "./intel.exe" >> "$homename"scripts.txt
ppn = 12 的地方是說要分12個thread給程式去運算
可是我發現 若是我讓他ppn = 6
依照我的理解應該是分配六個thread去算
可是執行的結果 他依然是使用12個thread
請問這樣子是正常的嗎?
若是有問題的 那麼是機器設定的問題 還是我丟進去跑的程式的問題呢？
※ 引述《yqwu (走走)》之銘言：
: 標題: [問題] cluster雙CPU設定
: 時間: Thu Jun 18 15:34:11 2015
:
: 想要請教一下
: 之前舊的實驗室cluster的子機 本來都是用六核心單CPU
:
: 最近買了新的子機 是兩個六核心的CPU
: 可是安裝完成之後 跑起來的效能和單CPU的一樣
:
: 想請教一下
: cluster雙CPU有需要做甚麼特別的設定
: 才能順利用雙CPU做平行計算呢
:
: 我們是使用openmp的平行化方式
:
: 謝謝
:
:
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: 每年的耶誕節 我只許一個願
: 我希望 我愛的人 有一天能夠愛我
: 其實 一個人的生活也不算太壞
: 只要自己想得開的話
:
: --
: ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.182.160
: ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Linux/M.1434612854.A.B20.html
: 推 soem: 個人認為你這樣描述資訊過少，若有點CPU資訊，以及你觀察到 06/18 20:51
: → soem: 的狀況會比較容易理解你遇到的問題。 06/18 20:51
: → yqwu: cpu是 2* XEON E5-2620 比上兩年前買的i7 6核心 型號忘了 06/18 23:22
: → yqwu: 簡單來說就是兩個CPU和一個CPU跑完一組平行計算的時間一樣 06/18 23:23
: → yqwu: 所以我在想是不是新的電腦設定錯誤 06/18 23:23
: 推 WolfLord: 一般來講，你只要啟動的是SMP KERNEL就夠了，至於平行 06/18 23:34
: → WolfLord: 演算的效能並不是單純你用了哪一個KIT就一定能凸顯的 06/18 23:35
: → WolfLord: 多核心程式需要注意的很多，但單純從您的說法裡面可以 06/18 23:36
: → WolfLord: 推測的資訊其實很貧乏：是否有適當分割演算，演算是否 06/18 23:37
: → WolfLord: 有不當的相依關連，甚或邏輯性的等待拴鎖等等..... 06/18 23:37
: → tjjh89017: 搞不好ram吃滿了，所以沒有辦法跑那麼快XD 06/18 23:38
: → tjjh89017: 之前就有遇過ram吃滿，CPU沒有辦法跑出理論GFlops 06/18 23:38
: 應該不會是這個問題
: 就我知道的 我們學長之前開發的程式不太吃ram
: 所以應該不是ram的問題
: → WolfLord: 如果你的計算程式只是一般的單一流程計算程式，那不管 06/18 23:39
: → WolfLord: 少個核：都不會實質增加你的演算速度的。這種程式需要 06/18 23:40
: → WolfLord: 是像 Carry 那種暴力蠻牛（核心時脈與實質核心演算速度 06/18 23:41
: → WolfLord: ）處理器 06/18 23:42
: 我們的計算程式有經過平行化處理
: 但是不能夠跨node (openmp)
: 我之前自己有測試過 4核心的cpu 和6核心的cpu開了HT比較
: 執行的時間大概是3:1 也就是6核心cpu速度有快三倍
: 所以後來買了一台新的雙cpu的電腦 結果跑起來沒有比單顆的快覺得很納悶
: 買之前有請廠商測試過
: 他報給我的速度的確有快一倍
: 可是自己裝好了來用又沒有
: 要問他們怎麼設定 他們又說要收錢Orz
: 推 KAOKAOKAO: 編譯的時候有正確link嗎？ 06/19 19:02
: 這個不是很懂
: 推 suyuan: 為什麼不把原始碼丟出來呢？不要浪費大家的時間用猜的 06/19 20:37
: 抱歉 其實我也算是個電腦白癡 很多地方不是很懂
: 請問大概是要什麼原始碼呢
: 丟上cluster跑的程式嗎
:
: 實在對這方面不是很熟
: 十分感謝各位熱心的回答
: ※ 編輯: yqwu (1.163.54.181), 06/19/2015 20:56:43
: → shihchiang: 既然都平行了怎不用顯卡跑 06/20 00:38
: openmp好像只能用cpu平行化的樣子
: 推 WolfLord: 先確認你是不是用SMP核心起動OS吧 06/20 02:02
: 我來google一下看看這個怎麼確認
: → sunneo: cat /proc/cpuinfo看看，32bit kernel只到8 cores 06/21 20:21
: 是指主機的嗎?
: ※ 編輯: yqwu (1.171.169.95), 06/21/2015 22:13:03
: 推 WolfLord: cat /proc/version 看看有沒有標示SMP啊~ 06/21 23:57
: → yqwu: 原來是這樣看 感謝!! 有標示SMP 06/22 08:46
: → yqwu: 請問會是主機centos版本太舊的問題嗎 目前5.4 06/22 13:50
: → jjooeeyy: 跑的時候有確定每個cpu跟cores都有被用到? 06/22 16:46
: → WolfLord: 那 ps 看看執行續有沒有分裂(同程式多個PID)如果沒有 06/22 19:57
: → WolfLord: 程式寫得有問題，如果有，可能要檢查看看是否有互相卡 06/22 19:58
: → WolfLord: 卡關的邏輯判斷式 06/22 19:59
: → tjjh89017: try this 06/22 20:22
: → tjjh89017: export OMP_NUM_THREADS=12 06/22 20:22
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