Re: [求救] 關於minor-allele frequency (MAF)

看板Biotech作者lelojack (莉羅夾克)時間7年前 (2016/10/04 00:19)推噓1(1推 0噓 0→)

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※ 引述《x9060000456》之銘言： : [2,] 2 1 0 0 1 0 : [3,] 2 2 0 0 2 0 : [4,] 1 2 0 0 2 0 : [5,] 2 1 0 0 2 0 : [6,] 2 2 0 0 2 0 : gene資料形式是以copy number呈現， : 想請問各位大大，分析的軟體是R software， : 為什麼在很多packages裡MAF的計算，是colMeans(genodata)/2 來計算MAF? : 也就是對每一個column做平均在除二，google找不到相關解釋，謝謝各位大能大神! HI 我拿rs671 南方華人獨有的酒精代謝缺失作為例子參考資料:dbSNP http://imgur.com/a/a1sRB 參考資料:Taiwan biobank http://imgur.com/a/KwUMn 簡單來說: 人有兩個allel 所以除二這邊以Taiwan bank為例 Ref:G, Alt:A 總共987個台灣人，帶G/A的人數384, 帶A/A的人數有76 A allel 出現的次數是384+76*2=536 987台灣人有987*2個allel 所以A出現的比例是536/(987*2)[ 536/987<-colMeans(genodata) ] 照你的公式算就會得到上面的結果所以看台灣biobank整理的資料就清楚了小知識: 台灣人的A MAF達兩成很多人喝酒會臉紅是因為很多人先天代謝甲醛[毒]的能力差 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 122.146.53.14 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1475511542.A.2B7.html ※ 編輯: lelojack (122.146.53.14), 10/04/2016 00:28:02

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10/04 08:54, , 1^F

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