[求救] 關於minor-allele frequency (MAF)

看板Biotech作者x9060000456時間7年前 (2016/10/03 23:24)推噓1(1推 0噓 0→)

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各位前輩大家好最近在做論文研究，研究的資料是Whole genome sequencing，資料大概像是以下這樣 snp10001 snp10002 snp10003 snp10004 snp10005 snp10006 [1,] 2 2 0 0 2 0 [2,] 2 1 0 0 1 0 [3,] 2 2 0 0 2 0 [4,] 1 2 0 0 2 0 [5,] 2 1 0 0 2 0 [6,] 2 2 0 0 2 0 gene資料形式是以copy number呈現，想請問各位大大，分析的軟體是R software，為什麼在很多packages裡MAF的計算，是colMeans(genodata)/2 來計算MAF? 也就是對每一個column做平均在除二，google找不到相關解釋，謝謝各位大能大神! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 49.216.148.73 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1475508287.A.B40.html ※ 編輯: x9060000456 (49.216.148.73), 10/03/2016 23:26:27

推

lingon

10/06 04:43, , 1^F

10/06 04:43, 1^F

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