Re: [求救] 用舊的agarose gel跑RNA
※ 引述《rockerwei (才女)》之銘言：
: ※ 引述《pocession (阿宗)》之銘言：
: : 根據經驗
: : 如果你的agarose gel做好後，是以密封的方式保存 (E.G 放在保鮮盒)
: : 而且保存用的buffer是乾淨的 (E.G DEPC water)，
: : 跑的時候buffer也是新鮮配製的
: : 那放一個禮拜以上的膠並不會讓sample產生degrade
: : 還有 就算是degrade的RNA也是測得到OD的，OD不代表完整性
: : 不過就像推文說的 還是要跑marker才能判斷妳的情況
: 不過我們實驗室也只有用DNA maker來看18s和28s是不是對的
: DNA maker跑得很正常
: (RNA有特別的maker嗎?)
: 我們的膠只是單純放在一般的保鮮盒
: buffer已經跑到都要不行了
: 所以還是要用全新的膠全新的buffer來跑會比較好就對了
: (因為實驗室check PCR pruduct也都是用舊得膠舊的buffer跑~但band都很正常)
: 因為在以前的實驗室都是要跑才做膠所以RNA也都是正常的
: (而且還有先denature處理過才跑，做的膠有外加ATA)
: 所以不確定是因為跑舊膠的問題還是沒有經過denature的處理
: (現在的實驗室有點窮，所以都沒有處理RNA就直接跑了~)
嗯 可能我的意思讓你有點誤解
要跑RNA Marker的原因有兩個
一個是DNA的分子量沒有辦法代表RNA (DNA為雙股，RNA為單股，單體的分子量也不一樣)
另一個是確保你在SAMPLE prepare或是跑膠的過程中RNA沒有分解
(如果跑膠的流程中出錯，RNA marker就會分解了，以此作為判斷)
所以你用DNA marker作比較，是沒辦法作任何判斷的
另外，根據我的經驗，膠的新鮮與否並不是很直接的影響
主要是跟你放置的容器和跑膠的buffer有很大的關係
容器要乾淨，跑膠的buffer儘量滅過菌，然後要跑時再稀釋(要用二次水)，
如果要把RNA sample作變性處理
可以自己配製含formaldehyde的loading buffer就好了，滿便宜的
如果不想買RNA marker，可以自己用acid phenol抽新鮮的大腸桿菌(養至對數期的細菌)
裡面會有5S, 16S, 23S；可以幫助你判斷位置和跑膠流程有沒有發生問題
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◆ From: 27.51.139.248
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10/23 17:09, , 1F
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