Re: [討論] Gene marker文章討論
※ 引述《churchfire (別小看我...)》之銘言：
: 小弟最近在研究gene marker
: 看到很多看似很淺但是確又很重要，讓我似懂非懂的詞
: SNP,單一何甘酸多型性,指的是基因序列中,單一何甘酸的變異。
: Genotyping,Genotype,
: 名詞:基因型,指的是基因的序列,型態!甚至是膠片上的片段pattern!
: 動詞:表示透過各種的實驗方式包含RFLP,RAPD,SNP等方法，了解基因的序列或型態!!
: Gene marker:基因分子標誌，指的是一個DNA片段，其位於染色體上，此片段可大可小，
: 小至SNP(僅有一個NT的差異)，甚至是一整個片段的不同；
: 其功用在於區分細胞個體或是物種。其操作的形式也很多種包含:RFLP,AFLP,
: RAPD,SSR,SNP,RAD marker等。
: Question 1:以上，我想請教到底這三個怎麼串在一起阿?
: Answer:是說:gene marker的方式可以幫助人們了解genotype嗎?
: 而SNP，或是其他SSR,RFLP,AFLP等,都是幫助genotyping的方法!
: 我這樣說對嗎?
個人意見
genotype是早期在定序技術還沒發展這麼威猛的時候用的詞
孟德爾大大他的大A小a這種用來解釋phenotype用的
照原始的定義 一個genotype可能不只一種序列
跟現在常用的定義又不相符了
個人覺得是不太好用而且重要性有點逐漸式微的詞
現在在paper上面很少會看到genotype這個詞
都是直接把序列整個放上去
然後marker不一定是差異
就只是一個可以辨識的東西
我自己是做農的拿農業來舉例
做breeding的時候 如果要把各種trait都混到一株裡面
單看phenotype可能不一定看得出來(像是垂直與水平抗性混和)
如果你用某對primer或是某隻RE處理後會有一個多大的band這樣
就代表這株有某個抗性
這個band你不用知道它的序列也不用知道它在哪個染色體上面的哪個位置
: Question 2:那這樣跟gene mapping有什麼差異??
: 我也看到了解這些可以幫助了解和疾病(或phenotype)和基因型間的關係
: 像是GWAS(genome-wide-association-study)
: 我知道大多數的SNP和及並有關係!但是我們要怎麼知道呢?
: High-throughput-screening的技術發達，我們可以很快的解序,
: 但是我們還是不容易明瞭序列的功能以及其與疾病(表型)!!
一樣拿上面那個例子
marker不一定要知道序列 當然就無從做mapping勒
然後說snp多跟疾病有關係邏輯上就有點搞錯了
應該說是疾病多跟突變有關係
而且有病的才比較會被拿來重點研究
之前人類定序定了五個人吧
猜猜看裡面有多少snp
: Question 3:我這樣說對嗎?我們拿到那麼多的SNP或是marker後，
: 我們要怎麼作後續的動作?
: Question 4:我也有問一位美國的教授,他說現在的解序技術太發達了!
: 我們可以很快的解序，但是如果要排列序列就很花時間!
: 請問通常都要做什麼實驗才可以知道其排列的位置?
: 我知道有透過"recombination rate"估算位置，以及物理性位置(Physical Mapping)
: 而吉隆米克斯最近推出的next-generation-sequencing,速度快
: 但基因片段重組,也是一個重要課題。
: 這位教授建議我:乾脆把需要的物種全部解序,這樣你就可以得到很多資訊了!!
: 你擁有這些需列資料,你也就有很多的東西可以玩了!!你也可以從中找到你想切入的方向!
: 以上是我最近閱讀的心得與感想，希望板上的大大先進
: 給予一些建議或是有用的文章!!幫助我了解更多!!
: 我有說錯的地方,也請不吝賜教,謝謝!!
sanger法定序一次大概是1K的長度
要單用sanger定序完人類的基因譜就要花上萬台定序機連定十年
second generation可以一次操作非常大量的定序(上百萬個reads)
但是每個reads都很短 幾十個nt而已
定序很快 但是定出來就是一堆小片段 而且有一定的錯誤率 而且有點貴(汗)
要用軟體慢慢把它拼起來 還要加上人工辨識去除錯誤的序列之類的
是很累人的工作
麻煩的是如果定的是genome的話
裡面有一大大大部分都是crap(應該說是現在對我們意義不明)
還要找ORF promoter之類的
所以現在很多都是定transcriptome
定出來的東西就是cDNA的序列
比較直接比較好分析也比較好操作
然後第三點
一個概念我覺得你可能弄反了
sequencing跟marker(也包含snp)都是手段
你是為了要研究疾病或是做phylogeny或是breeding
你才去做這些東西
而不是得到序列才來想要幹嘛
好像有點不是很切題 希望加減有幫助= =
然後偷偷打一下第三代定序的廣告XD
pacific biosciences
超威!!
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人好 欠表
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◆ From: 110.174.79.41
※ 編輯: Ianthegood 來自: 110.174.79.41 (07/02 10:56)
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