Re: [求救] codon usage
※ 引述《relaxsleep (火球連發~)》之銘言：
: 最近做表現實驗，使用Pichia pastoris當host異源表現fungi基因
: 但是經過誘導後都沒有目標蛋白產生(SDS-PAGE分析)
: 可是轉殖株又可以在含有抗生素的plate上生長，代表基因應該有送進去?!
: 懷疑是否為codon usage的問題。
: 序列經codon usage軟體分析(new in version 2.0)後
: 他有兩個選項不是很了解，分別是
: relative adaptiveness 與frequency
: 想請問他代表的意思是??
: relative adaptiveness分析後只有6個bp低於20%，7個bp低於10%，且不連續
: frequency分析後有好幾個bp是低於20%與10%，比上述分析多，有些有連續
: 為什麼兩種方法結果不同呢??
: 是不是這原因造成蛋白質部表現的阿??謝謝~
Relative adaptiveness, I think it's similar to CAI (codon adaption index).
CAI measures the similarity between the codon usage of a gene and the codon
usage of a reference group of genes.
It’s values range from 0 (when the codon usage of a sequence and that of the
reference set are very different) to 1 (when both codon usages are the same).
So, relative adaptiveness and frequency are different concepts.
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 70.164.199.58
推
06/11 21:36, , 1F
06/11 21:36, 1F
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