[求救] 限制酶切不好......

看板Biotech作者時間15年前 (2010/08/25 22:06), 編輯推噓1(1024)
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最近要把insert換到另一個載體(8kbp) insert的部分用相同的限制酶已經切好了 跑膠check size也是對的 但用同樣的限制酶去切載體(transform到細菌內大量複製,再抽完plasmid)卻一直切不好 兩種限制酶試過作用37度 3h,4h,5h 但要切膠回收時跑出來的band都怪怪的 有位置明顯不對的 有跑出好幾條band的(照理說應該是兩條) 也有band上方有拖拖的痕跡 切完膠用kit回收 再跑膠check 出來的都是兩條band(照理來講回收完應該只有一條) 限制酶各取1ul 也有用指定的buffer plasmid取30ul/100ul和50ul/60ul 可是目前做了6,7次 還是做不出來XD 為了怕有離子干擾 elute都是用滅菌過的二次水 但爬文後 發現很多人有做純化的動作 實驗室是沒有這樣做 不知道純化的必要性大不大 麻煩經驗豐富的版友給個建議 前面做不出來 後面ligation也不用做了XD -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 218.162.73.171

08/25 22:12, , 1F
check the enzyme sites on the plasmid.
08/25 22:12, 1F

08/25 22:12, , 2F
sounds that the site you use are not unique.
08/25 22:12, 2F

08/25 22:50, , 3F
我看了一下map,這兩種酵素都只有一個切位,所以可以排除這
08/25 22:50, 3F

08/25 22:50, , 4F
個可能性?
08/25 22:50, 4F

08/25 23:15, , 5F
Try cutting the plasmid with the enzymes separately?
08/25 23:15, 5F

08/25 23:16, , 6F
sometimes even though the sites are there,
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08/25 23:17, , 7F
sitll might not cut properly. Good luck!
08/25 23:17, 7F

08/25 23:35, , 8F
謝謝~我試試看,希望能成功!
08/25 23:35, 8F

08/28 00:40, , 9F
如果是一團一團拖尾的 應該是plasmid太多了, 正常
08/28 00:40, 9F

08/28 00:42, , 10F
plasmid最好先定量, 用2X酵素+2X時間作用
08/28 00:42, 10F

08/28 00:43, , 11F
例如: NEB 的 EcoR1是20,000U/ml 表示1ul裡有20U
08/28 00:43, 11F

08/28 00:44, , 12F
也就是說1ul的EcoR1可以在1hr內切完20ug的plasmid(理論啦)
08/28 00:44, 12F

08/28 00:46, , 13F
而total體積是50ul
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08/28 00:48, , 14F
注意甘油最好小於總體積5%避免影響酵素作用
08/28 00:48, 14F

08/28 00:49, , 15F
切太久也是沒必要的, 切太久則會有亂切的可能
08/28 00:49, 15F

08/28 00:50, , 16F
如果兩個RE site靠太近(相差幾個mer而以),則會切不好
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酵素要binding上去也是要占掉RE site旁一些空間的
08/28 00:51, 17F

08/28 00:52, , 18F
對了, 有些酵素需要BSA 記得加
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08/28 00:55, , 19F
切出來size不對的就別管他了(雜菌吧= =")
08/28 00:55, 19F

08/28 00:57, , 20F
2條band的要看size, 沒被切的supercoil form 會跑比較快
08/28 00:57, 20F

08/28 00:59, , 21F
水滅菌跟離子干擾好像沒關係XD:
08/28 00:59, 21F

08/29 00:09, , 22F
請問要怎麼計算甘油小於總體積5% ? 為什麼甘油會干擾?
08/29 00:09, 22F

08/29 19:06, , 23F

08/29 19:07, , 24F
NEB的RE enzyme 保存在50% glycerol中, 一般而言,
08/29 19:07, 24F

08/29 19:07, , 25F
10ul的反應體積最好只加入1ul enzyme,
08/29 19:07, 25F
文章代碼(AID): #1CTIDC0q (Biotech)
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