[求救] PCR結果定序出來的序列不是我要的!!

看板Biotech作者 (迷你邀霸罷)時間15年前 (2009/08/24 15:54), 編輯推噓6(6推 0噓 2→)
留言8則, 6人參與, 最新討論串1/2 (看更多)
各位好 我之前PCR跑出一段序列後 送去定序 我將原來primer和定序結果blast 但是沒有相似的地方 於是我將序列reverse 也不行 我又將序列 reverse & complement 也不行 用了forward 和 reverse的 primer 都沒對到 定序的PEAK很漂亮沒問題 那請問各位 為啥之前我的PCR可以做出很shape的band? annealing temp 是60度 應該不至於會有non-specific的問題吧? 不知道是定序方面出問題還是我的PCR出問題 但若是PCR有問題 那之前跑出的band是什麼東東?? 不知道大家有什麼想法?? 謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 203.64.247.5
推
08/24 15:57, , 1F
那到底整段sequence是你要的東西嗎?
08/24 15:57, 1F
推
08/24 16:28, , 2F
對看看有沒有vector的sequence....
08/24 16:28, 2F
推
08/24 16:30, , 3F
要不要用RE check片斷大小是否正確
08/24 16:30, 3F
推
08/24 20:13, , 4F
DNA直接跑PCR，primer後面20-30bp無法定序出來~是正常的!
08/24 20:13, 4F
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08/24 20:14, , 5F
所以做DNA比對~當然是不可能比對到primer序列...
08/24 20:14, 5F
→
08/24 20:14, , 6F
做cloning才有可能得到完整的DNA序列
08/24 20:14, 6F
推
08/25 17:50, , 7F
peak很漂亮 shape band,應該是PCR定序抓不到頭尾 同意樓上~
08/25 17:50, 7F
推
08/25 19:58, , 8F
同意4樓 PCR product直接做定序 primer定不出來正常
08/25 19:58, 8F
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