Re: [求救] 如何對ChIP後抓下的promoter做PCR?
我們實驗室用的方法
是把該promoter sequence送到程式裡去分析
會被何種TF binding
你可以上網找找看這類PROGRAM
不然GOOGLE一下找 TFSearch 這個網站
選擇送入序列的物種
他會幫你預測每個TF BINDING的 ABILLITY
之後再按預測的位置設計PRIMER就行了
我想這樣是最省錢的
footpriting或EMSA是早期不知道的時候用的
但現在BINDING SITE或各個TF 都已建有DATABASE
所以我想應該不用去做
個人意見 參考一下
※ 引述《ddlittleq (捲頭悶)》之銘言：
: 最近實驗上遇到一些困難 還請各位生化分生的先進 指導不才小弟
: 我想用ChIP抓下某一個transcrioption factor接合的promoter
: 但是未有文獻能參考此TF結合上promter的位置
: 我看過之前有做ChIP技術的paper 是抓下要的片段後 再去PCR
: 但是我現在困惑的點是 如果要做PCR 勢必要設計一段primer
: (由於這是我第一次碰到這麼分生的問題@@" 對primer有著很大的疑問
: 如果問出很見笑的問題 還請多包含)
: 問題.
: 目前我知道primer的BP對應越多 接合越好
: 雖然已經抓下與TF作用的promoter片段
: 可是"不知道promoter上是否有多個TF的binding site"
: 我怕不只抓到一段@@"
: 由於"抓下來的promoter片段不知道位置"
: 所以連設計primer都是個大問題
: 請問各位生化分生的前輩 "有沒有什麼技術能知道TF接合promoter的位置在哪"?
: 小弟只是個醫技系的大學生 還涉世未深
: 礙於實驗室經費的限制 為人小的不敢向實驗室提出太大要求
: 所以也懇請各位大大>"< 能幫我多考量"經費"一項要素 囧rz
: 由於我們實驗室主軸不是生化分生 所以僅有基本的技術
: WB IP PCR qPCR 近期可能會多ChIP
: 實驗室學長有再考慮加把買進 想多用個EMSA
: 我雖然有先看過EMSA的原理 不過還是霧煞煞... 也希望高人能對我指點一下這部份...
: 我印象中學校上課有教到footprinting 但不知道是不是對抓promoter的位置有用處@@
: 如果上述問題有很多怪怪之處 還請多原諒小弟學不專精阿>"<
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05/12 22:58, , 1F
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