[求救] 如何對ChIP後抓下的promoter做PCR?

看板Biotech作者ddlittleq (捲頭悶)時間16年前 (2009/05/12 02:38)推噓3(3推 0噓 3→)

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最近實驗上遇到一些困難還請各位生化分生的先進指導不才小弟我想用ChIP抓下某一個transcrioption factor接合的promoter 但是未有文獻能參考此TF結合上promter的位置我看過之前有做ChIP技術的paper 是抓下要的片段後再去PCR 但是我現在困惑的點是如果要做PCR 勢必要設計一段primer (由於這是我第一次碰到這麼分生的問題@@" 對primer有著很大的疑問如果問出很見笑的問題還請多包含) 問題. 目前我知道primer的BP對應越多接合越好雖然已經抓下與TF作用的promoter片段可是"不知道promoter上是否有多個TF的binding site" 我怕不只抓到一段@@" 由於"抓下來的promoter片段不知道位置" 所以連設計primer都是個大問題請問各位生化分生的前輩 "有沒有什麼技術能知道TF接合promoter的位置在哪"? 小弟只是個醫技系的大學生還涉世未深礙於實驗室經費的限制為人小的不敢向實驗室提出太大要求所以也懇請各位大大>"< 能幫我多考量"經費"一項要素囧rz 由於我們實驗室主軸不是生化分生所以僅有基本的技術 WB IP PCR qPCR 近期可能會多ChIP 實驗室學長有再考慮加把買進想多用個EMSA 我雖然有先看過EMSA的原理不過還是霧煞煞... 也希望高人能對我指點一下這部份... 我印象中學校上課有教到footprinting 但不知道是不是對抓promoter的位置有用處@@ 如果上述問題有很多怪怪之處還請多原諒小弟學不專精阿>"< -- 如果能贏誰想輸... 如果能成功誰想失敗... 如果未來會更好誰還會停滯不前... -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.128.140.68

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bider

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bigcat24

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