Re: [求救] 希望可以分享一些用來尋找ORF的資源
※ 引述《sheepfeather (...)》之銘言：
: 小弟我的作業有一部分是要尋找一個已知的完整genome裡面的ORF
: 之後再去做一些後續比對的工作
: 之前用NCBI提供的【ORF finder】去找
: 不過出來的結果有點太多了...所以希望可以有其他的結果去做個比較
: 老師是說可以用PFAM去找,不過我們摸了很久還是摸不出這條路的走法
: 不知道板上有人可以分享有類似功能的網路資源嗎?
: 哪種方法,網站或軟體系統都可以 ~ 只要內含功能可以用來分析ORF就好了
: 先感激願意分享的各位 <(_ _)>
不知道你現在做的物種是真核還是原核
如果是原核 有一些orf finding工具
像是GeneMark GeneMark.hmm或者是Glimmer 都可以試試看
真核我比較不熟 不過相信工具應該也不少就是了
另外你們老師提的Pfam 我就比較不建議使用了
因為你需要先去抓Pfam的資料庫 然後抓/裝 Hmmer 這一套軟體
Hmmer比對Pfam資料庫要花的時間挺多的 而且也並不是每一個orf都會有Pfam domain
所以我就不建議使用囉
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◆ From: 219.80.34.223
推
12/16 23:27, , 1F
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