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討論串[求救] 希望可以分享一些用來尋找ORF的資源
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Re: [求救] 希望可以分享一些用來尋找ORF的資源
推噓1(1推 0噓 0→)留言1則，0人參與, 最新作者cot123 (cot)時間18年前 (2007/12/16 14:22), 編輯資訊
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不知道你現在做的物種是真核還是原核. 如果是原核 有一些orf finding工具. 像是GeneMark GeneMark.hmm或者是Glimmer 都可以試試看. 真核我比較不熟 不過相信工具應該也不少就是了. 另外你們老師提的Pfam 我就比較不建議使用了. 因為你需要先去抓Pfam的資料庫
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[求救] 希望可以分享一些用來尋找ORF的資源
推噓1(1推 0噓 0→)留言1則，0人參與, 最新作者sheepfeather (...)時間18年前 (2007/12/15 01:41), 編輯資訊
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小弟我的作業有一部分是要尋找一個已知的完整genome裡面的ORF. 之後再去做一些後續比對的工作. 之前用NCBI提供的【ORF finder】去找. 不過出來的結果有點太多了...所以希望可以有其他的結果去做個比較. 老師是說可以用PFAM去找,不過我們摸了很久還是摸不出這條路的走法. 不知道板
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