Re: [問題] DNA定序之後的問題
※ 引述《lovepig414 (pig)》之銘言:
: 各位大大
: 小弟以本實驗室的細胞株做了RT-PCR後,之後再做clone完後,送生技公司做定序,
: 定序完成後,上了NCBI做序列比對,發現自己做的定序和資料庫上的定序相似
: 度高達98%,我想應該是很高吧,所以推測此細胞應該是有此基因,然而,我的
: 老闆卻問我了一個問題,就是為什麼相似度不是100%?要我做回覆!
: 我自己想的結論是:
: 1.也許是機器的問題,本身就有錯誤率!(但是機器做出錯誤的
: 機率是很低的!)
: 2.也許是基因上本身就有一點不一樣,但是轉譯出的protein
: ,可能會是相同的!(這個可以做胺基酸比對得知。)
: 再來我就不太知道為什麼了,自己也上網站找尋了一下,但是真的找不太到相
: 關的資料,不知道板上的大大們,有沒有人可以幫幫我啊!再過幾天就要meeting,
: 可是我卻如此的不知所以然,救救我吧! 感恩阿!
可以去看看定序序列的raw data,也就是peak,通常定序的長度差不多都在1Kb或是
少於,而且剛開始或是最後序列無法判定的情形是常見的,建議您親自看看peak
profile。
另外可能您的基因有mutation也說不定阿!
參考一下...
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