Re: CHIP assay
幫回一下推文的問題
原po買的那套 protein G+A 中已經混有salmon sperm DNA和BSA
所以 在在sonication完 確定DNA片段大小後 加入protein G+A 做pre-clear
之後離心 取上清加入抗體 反應一段時間後 再加入beads去抓
然後用了幾種buffer wash .............
所以 在pre-clear過程中 應該是可以降低non-specific binding
但是 結果在negative中 卻還是可以PCR出東西 所以不知道是什麼原因
不知道 其他人的wash方法有什麼不一樣的 或者是protocal上 有那些建議
※ 引述《iceye (電子秤)》之銘言：
: ※ 引述《haveacat (有隻貓)》之銘言：
: : 最近在做CHIP assay (chromatin immunoprecipitation assay)
: : negative組別 我是不加抗體 所以正常是沉澱不下DNA
: : 但是最後利用PCR偵測 卻一直夾出DNA片段 其他別組加抗體的也有夾出片段
: : 只是negative一直無法很乾淨 wash buffer用 TSE-500*3 LiCl*1 TE*3去洗
: : 是否其他人有經驗 如何降低non-specific binding
: : PS: sonication後 DNA片段已到200-1000bp間了
: : 我也照protocal加agarose beads時 混入salmon sperm DNA和BSA
: : 難道還有其它小技巧嗎
: : 幫幫解個惑吧????/ 謝謝
: 我是照protocal上面 sonication完細胞後 離心
: 先加入Agarose G+A (含有salmon sperm DNA和BSA) 先pre-clear
: 再加入抗體 以及 一組未加抗體negative control 進行實驗
: 之後再加入 入Agarose G或A (這裡也同樣含salmon sperm DNA和BSA) 進行沉澱
: 但是最後negative control 還是很容易PCR出片段來
: 然倒是在wash過程不乾淨 但是buf 高鹽 以及LiCl 和TE我都洗過了
: 很困擾
: PS:這是學弟ID 我是原PO
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