Re: CHIP assay
※ 引述《haveacat (有隻貓)》之銘言：
: 最近在做CHIP assay (chromatin immunoprecipitation assay)
: negative組別 我是不加抗體 所以正常是沉澱不下DNA
: 但是最後利用PCR偵測 卻一直夾出DNA片段 其他別組加抗體的也有夾出片段
: 只是negative一直無法很乾淨 wash buffer用 TSE-500*3 LiCl*1 TE*3去洗
: 是否其他人有經驗 如何降低non-specific binding
: PS: sonication後 DNA片段已到200-1000bp間了
: 我也照protocal加agarose beads時 混入salmon sperm DNA和BSA
: 難道還有其它小技巧嗎
: 幫幫解個惑吧????/ 謝謝
我是照protocal上面 sonication完細胞後 離心
先加入Agarose G+A (含有salmon sperm DNA和BSA) 先pre-clear
再加入抗體 以及 一組未加抗體negative control 進行實驗
之後再加入 入Agarose G或A (這裡也同樣含salmon sperm DNA和BSA) 進行沉澱
但是最後negative control 還是很容易PCR出片段來
然倒是在wash過程不乾淨 但是buf 高鹽 以及LiCl 和TE我都洗過了
很困擾
PS:這是學弟ID 我是原PO
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我想 我是幸福的
有個值得我思念的人 思念我
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※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 163.15.174.67
推
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