Re: [閒聊] 系統生物學
※ 引述《oplz (oplz)》之銘言：
: 多謝你詳盡的解釋..讓我對 systems biology 有更多的瞭解
: ※ 引述《kontracello (發揚無效精神)》之銘言：
: Yeah..我想應該是我沒有表達清楚.
: 我所說的外領域的意思是 Biology 外的領域..包括物理 化學 數學 資訊點點點
: 我的疑問在 如果像日本那樣選 mycoplasma 當材料.. 因為它只有三百八十多個基因
: 自然是有辦法做到掌握全部基因對某些刺激的反應
: 但要講到人..像 ISB 弄免疫 model .. 現在做的成功機會大嗎?
這正是我的意思, 現在生物科學哪一項技術不是基於物理, 化學, 數學 ?
可能表面上不明顯, 可是如果看過去生物學的發展, 其實這些基礎科學幫了大忙.
或許是發展的太成熟之故, 變成 "理所當然", 隱藏在生物學的背後了.
現在看 systemsbiology, 只是把這個因素表面化了.
基因少當然是一個有利的因素, 以目前一般細菌而言也還沒辦法做到
全部蛋白質表現的 profile, 頂多 1/3 吧. 更何況是真核生物.
ISB 現在做這個成功的機會大不大我不太清楚
(在那邊他們也是跟你玩 "個人保密規定" 和反情報責任制度" XD)
不過他們知道他們要看的是某些特定分子的變化, 重點不是一網打盡
或許在某些限制條件下還算是可行的.
: 我想講的其實是 publication scale..
: 如果這種大規模的實驗已超過了 publication 一篇 paper 的 scale..
: 要怎麼讓人家願意跳進來?
: 像 genome project 到後來 total sequencing 完才發表兩篇..
: 這樣子的合作方式..
: 會有多少實驗室的 PI 願意跳進來變成一長串名單裡的一個名字
: 這是我感到懷疑的地方
在 PubMed 用 Aebersold 當作者找 paper.
第一面大概都是 ISB 或是和 ISB 合作發的論文.
撇開 ISB 自己的 paper 不說, 和 ISB 合作的模式通常是 ISB 提攻技術服務
所以實驗主導是在別的單位, 和 ISB 基本上沒有關係.
因此 ISB的人是純掛名, 但是 ISB 部門繁多, 一掛就是一整串是免不了的.
剩下的除了比較次要的合作單位之外, 就是主導實驗室的人.
至於 PI 多不多, 其實是計畫本身的問題, 和 systemsbiology 無多大關係.
(因為 systemsbiology 部門的人永遠就是那幾隻 ...)
當然, 如果不是 ISB 模式而是一大堆分散的實驗室的話就另當別論了
不過據我所知有計畫要發展 systemsbiology 的單位都會先搞一個 service centre
出來, 例如中研院的某些所, 中心等等. 這也是我們努力的目標.
: 所以 SysBio 在 ISB 注重的是
: systematic screening/experiments 還是 systematic approach ?
: 因為我以為.. ISB SysBio 想做的是沒有特定目標的搜集資料..
: 希望能建構一完整的 biological system ..
: 再用 computational biology 的方式來運算這個系統的運作
: 以及對各種刺激的反應情況..
: 這個最顯著的優勢就是可以可以用在 藥廠 對新藥的模擬
: 可以在最初就減去許多不必要的資源浪費
: 當然這種實驗常需要用到其它領域較新的技術 像 single molecular tracking ...
這有點太理想化了, 事實上 ISB 幾乎用到全部的傳統生化/ 分生技術
因為 systematic screening 只是第一步, 你說的 systematic approach
比較貼切, 而 systemsbiology 就是涵蓋這些的全部 ...
: : 而專注於我要解決的題目, 這是一個很有利的條件.
: : 在 ISB 每一個技術部門不只是操作, 還同時具有研發的能力
: : 這是不淪為純操作服務的方法, 也是我們去學習主要的目標.
: : 哎呀...我也不知道 systemsbiology 到底定義成怎樣
: : 何必緊盯著字面上的解釋不放 ?
: : 請記住我們要解決的是生物學上的問題
: : 而並不限定要用什麼領域. 想想看, 做個 genomic sequencing 跨了多少領域 ?
: : 所以不能被領域所限制, 任何方法都是可能的手段
: : 最後一併回答 systemsbiology 可不可能成功, 能不能達成預期目標.
: : 目前的技術可以確保實驗的成功是無庸置疑的
: : 但是實驗設計的目標有沒有達成要看實驗的深度
: : 譬如說我今天先做 genomic sequencing, 再做 quantitative proteomics
: : 建構 metabolomics 的基礎, 這是一個所謂 systesmbiology 最初能給的東西
: : 接下來可能會發現更多有趣的地方, 是不是要純化某些蛋白質?
: : biophysics, bioinorganic chemistry 的問題也要解決
: : 是否可以回答演化層次的問題? 這都是一步一步來的
: : 關於我在 Institute for Systemsbiology 做了什麼
: : 簡單的說是銅離子的濃度對於 M. capsulatus (Bath) 的影響.
: : 此菌在不同 Cu 的外在環境會有很不一樣的蛋白質 profile
: : 對於甲烷氧化的機制也大不相同. 若您真有興趣了解全部的細節
: : 可以在台大總圖用關鍵字 "嗜甲烷菌" 找一本 2004 年的化學系碩士論文
: : 對應的 paper 已經發出, 但是因為圖片的解析度被搞錯
: : 所以現在線上的版本沒有什麼參考價值 XD (反正圖也看不清楚)
: : 等弄好了再貼上連結 :)
: Thanks again for your detailed reply !
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