Re: [閒聊] 系統生物學
※ 引述《oplz (oplz)》之銘言：
: 請問你覺得 Systems Biology 真的有可能成功嗎?
: SysBio 大量引進外領域的技術 特別是 Computational Bio.
: 希望能用運算出整個系統運作的方式..
: 我的疑問是 真的有辦法掌握所有外在變因 把系統視為一封閉的系統運算嗎?
其實說引進外領域這句話有一點問題
因為我並不認為 systemsbiology 有領域上的限制
此外, 據我所知, 目前也沒有人用純計算的方式去預測生物系統
這些東西的根本還是實驗數據. 因此, 在數據的限制之下得到的結果
才是目前可行的方法. 這樣說來, 數據的完整性就很重要了.
至於有沒有辦法掌握所有外在變因, 我的回答是: 不行.
但是我只能說再某些實驗條件下是可以得到某種程度的控制.
這是實驗方面要努力的地方.
: 另外 雖然 SysBio 現在很熱 但如何提供足夠的誘因使其它人願意跳進來做?
: 因為 SysBio 的 scale 似乎已超過 publication scale..
: 看看 human genome project, 前期跳進去做的 LAB 幾乎全遭滅口
: 最後只剩下幾間大的 CENTER 才能存活下來..
: SysBio 的規模更大更複雜..有可能自己單打獨鬥做出來嗎?
這有點倒果為因, 因為不能說 "我想要作 systemsbiology"
(除非你要做技術開發) 一般來說, 實驗室都有暨有之方向
也有可能發覺一些很重要, 很有前瞻性的問題
如果 systemsbiology 是現今解決比較好的手段的話
(加上實驗室能力允許 ... ...) 那就會有人願意跳進來做 :P
不可否認的是, systemsbiology 的 scale 很大,
但是通常要看的問題很明確, 如何從問題點切入找到解答
算是實驗邏輯的精華吧...這要看情形而定啊 ...XD
這和 human genome project 的問題似乎不太一樣
前期的研究首重定序, 會失敗我個人認為和研究發展的關係不大,
惡性競爭的成分可能還大些. 最後, 如果想要單打獨鬥做出來
是指一個人的話, 是有可能的
首先這個人必須對於基礎科學相當了解, 然後會操作所有會用的機器
包括 MS, sequencer, 各式各樣的 LC, 從養生物 (菌) 到純化一手包辦
還可以寫個程式解決計算上面的問題
只是這樣要花的時間太久, 沒有效率, 而且實驗室的建制也要夠完善
因此大概沒有人會想這樣做. 因此合作還是目前的方法.
至於要怎樣合作, 實驗室的建制就相當重要. 這一點 ISB 做得相當好
可以讓排定的程序順利完成, 聽起來簡單, 要真正發揮 highthroughput 的
功能沒有對實驗室各部門有相當的控制與管理是沒辦法的.
就我的經驗而言, 我完全可以不用擔心技術方面的問題
而專注於我要解決的題目, 這是一個很有利的條件.
在 ISB 每一個技術部門不只是操作, 還同時具有研發的能力
這是不淪為純操作服務的方法, 也是我們去學習主要的目標.
: 另外 SysBio 的定義似乎到目前也沒有一定的共識..
: 雖然 Leroy Hood 是 SysBio 的先驅
: 但也不是每個打著 SysBio 名號的人心中的定義都和他一樣
: 我相信在跨領域的合作下會有突破
: 但有可能真的達到當出預期的目標嗎?
哎呀...我也不知道 systemsbiology 到底定義成怎樣
何必緊盯著字面上的解釋不放 ?
請記住我們要解決的是生物學上的問題
而並不限定要用什麼領域. 想想看, 做個 genomic sequencing 跨了多少領域 ?
所以不能被領域所限制, 任何方法都是可能的手段
: 你能夠說明一下你在 inst. SysBio 的研究內容嗎?
: 真的對這個 Sys Bio 有很多疑問
最後一併回答 systemsbiology 可不可能成功, 能不能達成預期目標.
目前的技術可以確保實驗的成功是無庸置疑的
但是實驗設計的目標有沒有達成要看實驗的深度
譬如說我今天先做 genomic sequencing, 再做 quantitative proteomics
建構 metabolomics 的基礎, 這是一個所謂 systesmbiology 最初能給的東西
接下來可能會發現更多有趣的地方, 是不是要純化某些蛋白質?
biophysics, bioinorganic chemistry 的問題也要解決
是否可以回答演化層次的問題? 這都是一步一步來的
關於我在 Institute for Systemsbiology 做了什麼
簡單的說是銅離子的濃度對於 M. capsulatus (Bath) 的影響.
此菌在不同 Cu 的外在環境會有很不一樣的蛋白質 profile
對於甲烷氧化的機制也大不相同. 若您真有興趣了解全部的細節
可以在台大總圖用關鍵字 "嗜甲烷菌" 找一本 2004 年的化學系碩士論文
對應的 paper 已經發出, 但是因為圖片的解析度被搞錯
所以現在線上的版本沒有什麼參考價值 XD (反正圖也看不清楚)
等弄好了再貼上連結 :)
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名稱 規格 數量 價錢 備註
圓底燒瓶 14/20 5ml 1支 $55 二學分專用
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