Re: [問題]關於抽質體DNA的問題
※ 引述《zerpher (畫圈圈..ψ︶︿︶)》之銘言：
: ※ 引述《palan (燃燒吧!脂肪!)》之銘言：
: : 我不知道我記的對不對...
: : 好像是在抽DNA的過程中
: : 會使雙股的DNA打開成為單股
: : 再令其重新配對
: : 但genomic DNA比較大
: : 所以重新配對回去不易 故沉澱..
: 其實這個觀念很多老師也這樣講過
: 我以前也這樣認為
: 直到被一個老師糾正後才知道不對
: 使用Alkaline Lysis 抽取 plasmid 的原理
: 是利用在一個小範圍的pH(12.0-12.5)
: 這時候linear DNA會denature
: 但CCC (covalently closed circular) DNA
: (就是plasmid)"不會denature"
: 此時Chromosomal DNA is denatured
: 當我們將溶液中和以後Chromosomal DNA renature
: 並且和蛋白等巨分子糾結 然後可以被離心沉澱
: 這就是plasmid抽取的原理
: 附上一個網址 裡面介紹的還蠻詳細的
: http://www.sfu.ca/bisc/bisc-429/Monday_29_september.htm
我去察了一下書(gene cloning 4ed/T. A. Brown),
順便看一下大學時寫報告參考的BCT網頁...
發現BCT網頁上的有錯哎...*汗*
http://juang.bst.ntu.edu.tw/BCT/Chapters/Chap2-1.htm#2.1
這個實驗是以 alkaline lysis 的方法進行，其原理是將細菌以 NaOH 及 SDS 分
解，並使蛋白質及 DNA 變性，繼之以酸中和。在此情況下，小分子質體 DNA 在
中和後可恢復原態，但大部份的細菌染色體 DNA 則無法完全復原而與 SDS-K+ 所
形成之複合物一起沉澱下，可以離心去除之，上清液中所含的質体則可以酒精或
異丙醇將其沉澱下來。
錯的是這一句"小分子質體 DNA 在中和後可恢復原態"
事實上是小分子質體 DNA以supercoiled form型式存在
所以在pH 12-12.5仍不denature
而non-supercoiled form的genome DNA則是在中合後因無法完全的回復
所以東牽西連成一個NETWORK..而生成複合物沉澱
所以重點是"supercoiled form 和non-supercoiled form"是否在pH12-12.5 denatured
還有coDNA ccDNA和 supercoiled應該是不一樣的(Topoisomerase 相關)
當然很多時候它們也是混用的
http://www-biology.ucsd.edu/classes/bimm100.FA00/07.ProkChrom.html
1. Common Examples in double-stranded DNA (dsDNA):
Linear:
break in backbone of both strands, opposite each other or close
If close, then have short region of single-stranded DNA (ssDNA)
Open circular:
break in one strand, other strand is closed circular ... ocDNA
Closed circular:
both strands are closed, no breaks
also called Covalently Closed Circular DNA (cccDNA or ccDNA)
Supercoiled DNA: ... [Brown, Fig 6.11]
covalently closed circular DNA contains helical structure
IN ADDITION to the Watson-Crick double helical structure ...
不過~anyway沒差~反正在supercoiled 及ccDNA都不會在pH12-12.5 denatured
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輕囁寒冷的氣息.將之寄托風中..懷著琥珀色的憂傷.好似就快因此被撕裂了...
今夜在這相會所承諾的約束..嘆息.黑闇的彼方..
教堂鐘聲響起的時刻.淡淡的迴盪在光中..
淡淡融融的月光.照映出的身影..襯著深紅色的薔薇.彷彿就這麼染上了顏色..
今夜在這相會所承諾的約束..嘆息.黑闇的彼方..
教堂鐘聲響起的時刻.輕輕的搖曳在光中..
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