Re: [問題] 電腦模擬蛋白質製藥的需求?
※ 引述《piimaila (肥仔)》之銘言：
: 恩, 這樣 用電腦預測和用HTS的預測差在哪裡呢?
我前一篇文章其實有解釋,但也許不夠清楚
以下建立在前文所提到的原理中,
電腦模擬的是純化後的蛋白結構的資料,
HTS測試的是well裡面的細胞, 無論是細胞均質或是活體細胞,
端看assay如何建立
兩者相比, HTS測試的條件更接近活體內狀況
也就是電腦模擬出100個hit, 跟HTS模擬出100個hit,
兩者都會有大量的偽陽性, 但電腦模擬因為離活體更遠,
所以偽陽性"應該"更高, 也就是那100個hit最後驗證為真的機會"應該"更低
事情當然都有例外,
也許電腦篩了100個hit中只有一個為真但那個就剛好是下一個glivec
而HTS篩了100個hit中有10個為真但都通不過toxicity
這也不無可能
但在還沒開始作實驗前, 大多數人會選擇勝率較高的那種方法(前提是不要太貴)
一個巨大的HTS的確很貴,這也是電腦模擬可以切入的點
但如果同樣是受限於資金,
多數PI可能會選擇作小規模的screening,
也就是screen一百萬個藥裡的一個subset
也許是同類型的小分子1000個,
也許是同機制(如kinase inhibitor)1000個之類的
"感覺上"勝率還是比電腦模擬高. 因為assay是活體細胞
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