Re: [求救] 找尋EMSA用的sequence
※ 引述《higamanami (大眼埃及貓)》之銘言：
: ※ [本文轉錄自 Biotech 看板]
: 作者: higamanami (大眼埃及貓) 站內: Biotech
: 標題: [求救] 找尋EMSA用的sequence
: 時間: Mon May 25 00:59:56 2009
: 如題
: 由於這個基因目前沒有人做過同物種的EMSA
: 有作過的只有大鼠的
: 現在首要之急是設計probe
: 我從promoser把基因的代碼輸入找尋Transcription start site前面的序列
: 覺得有點奇怪 竟然是將mRNA的代碼輸入 而不是該基因DNA的序列 (試過卻找不到)
: 另外用人工比對的方式 在NCBI先查該基因的序列 然後再查mRNA的序列
: 來看出從哪個nucleotide開始之後是transcription start site
: 發現兩個方法找到是不同的序列
: 到底哪個方法是正確的呢
你要先看你用的promoter database是怎麼去define他們的promoter的
是第一個ATG才算是啟始點，還是一般我們定義的TSS
有些人會覺得第一個ATG才算TSS anyway,我覺得都OK,但是在使用上你要知道有差就好
ps. 有些database的promoter region是有reference做為evidence的 那些有更保險一點
: 另外 也請大家介紹幾個預測transcription factor binding sequence的網站
: 目前我已試過JASPAR TRANSFAC Match Consite rVista PROMO
: 發現有些預測序列還差真多
: 真不知該選哪些 命中率才高
: 請大家提供一下經驗
: 多謝囉
是差很多沒有錯 但大都是出自於他背後所用的方法而已 所以...也不太能說哪個較好
原則上
1. 以position matrices比對, 會比用單純的motif去比對要好
2. 該TF binding site, 若是一個conversed region, 那成功機會也較大
所以小弟認為 你都用沒有關係 但你可以把其他物種的序列再放一起比對
看看conserved region上有哪些 印象中已經有工具是有考慮conserved的情形了
但我一時有點想不起來 我離開promoter analysis這塊已經有2年多了... 應該變了不少
以上 大致如此吧 也不算有幫上你什麼忙 有問題再提出來看看
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