[求救] 找尋EMSA用的sequence
※ [本文轉錄自 Biotech 看板]
作者: higamanami (大眼埃及貓) 站內: Biotech
標題: [求救] 找尋EMSA用的sequence
時間: Mon May 25 00:59:56 2009
如題
由於這個基因目前沒有人做過同物種的EMSA
有作過的只有大鼠的
現在首要之急是設計probe
我從promoser把基因的代碼輸入找尋Transcription start site前面的序列
覺得有點奇怪 竟然是將mRNA的代碼輸入 而不是該基因DNA的序列 (試過卻找不到)
另外用人工比對的方式 在NCBI先查該基因的序列 然後再查mRNA的序列
來看出從哪個nucleotide開始之後是transcription start site
發現兩個方法找到是不同的序列
到底哪個方法是正確的呢
另外 也請大家介紹幾個預測transcription factor binding sequence的網站
目前我已試過JASPAR TRANSFAC Match Consite rVista PROMO
發現有些預測序列還差真多
真不知該選哪些 命中率才高
請大家提供一下經驗
多謝囉
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