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作者 lelojack 在 PTT [ Biotech ] 看板的留言(推文), 共166則

限定看板：Biotech

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[求救] Mac軟體安裝問題

[ Biotech ]15 留言, 推噓總分: +6

作者: mor05431 - 發表於 2022/02/09 14:37(2年前)

13^F推lelojack: 我覺得用terminal來啟動是好主意，有時候terminal會顯02/15 13:39

14^F→lelojack: 示錯誤在哪裡02/15 13:39

[求救] mega x alignment多條序列

[ Biotech ]7 留言, 推噓總分: +1

作者: Poke0605 - 發表於 2021/06/25 18:08(2年前)

4^F推lelojack: consensus sequence 不有趣06/26 12:54

5^F→lelojack: 用這個06/26 12:54

6^F→lelojack: https://weblogo.berkeley.edu/06/26 12:54

7^F→lelojack: 酷很多06/26 12:54

[求救] 第三代定序軟體推薦

[ Biotech ]12 留言, 推噓總分: +4

作者: nm768417 - 發表於 2021/05/19 09:51(3年前)

1^F推lelojack: 你要先說是DNA RNA Meta吧。很多工具可以做三代定序分析05/19 12:22

6^F推lelojack: 也不一定要學Linux,直上docker了啦05/22 00:00

10^F推lelojack: 這樣的敘述仍有不少發散的步驟，但最有可能問題是NCBI05/23 05:41

11^F→lelojack: 的物種資訊跟metaG用的資料庫不同，你需要確認metaG用05/23 05:41

12^F→lelojack: 的資料庫05/23 05:41

[討論] 有關NGS和real-time pcr的數據

[ Biotech ]20 留言, 推噓總分: +8

作者: mushroom3969 - 發表於 2021/03/04 22:57(3年前)

7^F推lelojack: 這個問題可以跟學校的核心設施人員聊阿03/05 17:42

13^F推lelojack: 表達量高,有生物性重複尤其是動物實驗,ILMN定序的可重03/12 11:28

14^F→lelojack: 複機會高03/12 11:28

[求救] metagenomic 菌相分析

[ Biotech ]8 留言, 推噓總分: +6

作者: tim01boy - 發表於 2021/02/22 11:54(3年前)

6^F推lelojack: https://reurl.cc/1g1dEY 用你的數據+這個工具做就好了02/22 23:22

[求救] 突變位點在發表論文中找不到已刪文

[ Biotech ]11 留言, 推噓總分: +4

作者: song4231 - 發表於 2020/12/03 14:02(3年前)

5^F推lelojack: 論文用HGVS各式記載突變會選擇RNA isoform，你有確認RNA12/04 00:55

6^F→lelojack: isoform跟論文是一致的嗎？12/04 00:55

7^F→lelojack: 然後你的敘述50%是那個資料庫。這個比例很不可思議12/04 00:56

全基因定序問題

[ Biotech ]14 留言, 推噓總分: +6

作者: chihsam2002 - 發表於 2020/07/23 18:56(3年前)

8^F推lelojack: 可能問不到。我沒看到那家服務商有站攤07/26 11:22

[求救] 在線急！Mega 7 alignment 卡住

[ Biotech ]13 留言, 推噓總分: +5

作者: KeMBaWallKer - 發表於 2020/03/18 09:47(4年前)

1^F推lelojack: 記憶體不足。multiple alignment很吃記憶體03/18 13:58

2^F→lelojack: 你可以看看你的記憶體是不是滿的03/18 13:58

3^F→lelojack: 而且就算拼出來。你也看不懂03/18 13:59

4^F→lelojack: 建議你去對特定基因比較好03/18 14:00

7^F推lelojack: 粗估一張20K Genome pair alignment matrix表格占3Gb，03/18 15:13

8^F→lelojack: 你要算400*399/2張表格，不過MLA演算法可以分批跑不用加03/18 15:13

9^F→lelojack: 起來，考慮到你電腦也有背景使用記憶體，我覺得RAM16G03/18 15:13

10^F→lelojack: 應該可以，剩下就是跑8萬張表格的時間03/18 15:13

11^F推lelojack: 更正MSA method03/18 19:27

[求救] 有關public mRNA data數值表示和FC計算

[ Biotech ]29 留言, 推噓總分: +2

作者: premire - 發表於 2020/02/18 00:06(4年前)

25^F推lelojack: 可以提供GSE的連結嗎？我以前有那過這樣的資料分析。02/21 08:59

26^F→lelojack: 當時會有區分adjencent and tumor樣本。不過極少，大部02/21 08:59

27^F→lelojack: 分可行的是在來源網站中提供生存分析或Grade樣本02/21 08:59

28^F→lelojack: 你可以這樣理解，臨床樣本原則上不會有正常人組織，因02/21 09:00

29^F→lelojack: 為沒有取樣理由02/21 09:00

[求救] 請問k-nearest neighbors圖該怎麼判讀

[ Biotech ]13 留言, 推噓總分: +4

作者: yaes111 - 發表於 2019/10/23 16:53(4年前)

7^F推lelojack: 原來knn可以分這麼好啊10/23 21:28

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