Re: [問題] 請問有人使用過cam這個model嗎??
謝謝您的回覆，在我看了scientific description之後，實在是無法理解這個博大精深的
程式....
我把我目前的狀況整理如下:
*目標
因為我是要參加一個Student Cluster Competition，這個比賽最主要的內容就是有4個
application，而今年我負責的就是CAM這個軟體。
比賽的方式是一開始會給我數個inputs 在限定的時間內可能跑不完，所以必須要自己
可以判定每測資在使用多少電腦資源的情況下大約會跑多久。最後以時間內跑出最多正確
答案測資的組別為勝。
但是在比賽的過程中，各領域的專家也會過來進行口試，測試一下我們對這個AP的專業
了解有多少，所以也需要有一定基本跨領域的知識。
*版本&Confuguration
我用的是CAM5.1.1(因為我下載的是CESM-1.0.4最新版)，但我是依照CAM5的user guide
安裝，所以只有單獨編譯CAM，而不是整個model
作業系統為CentOS 6.0
Library部分為:
mvapich2-1.6, zlib-1.2.5, hdf5-1.8.4-patch1, netcdf-4.1.1
先使用PGI的compiler編譯(CC=pgcc,FC=pgf95)mvapich，再用CC=mpicc,FC=mpif90編譯
hdf5&netcdf
然後我使用下列的指令來編譯並執行cam:
export INC_NETCDF=$HOME/NetCDF-4.1.1-intel/include
export LIB_NETCDF=$HOME/NetCDF-4.1.1-intel/lib
export MOD_NETCDF=$HOME/NetCDF-4.1.1-intel/include
export INC_MPI=$HOME/MVAPICH2-1.6-intel/include
export LIB_MPI=$HOME/MVAPCH2-1.6-intel/lib
cd cesm1_0_4-intel/models/atm/cam/bld
./configure -dyn fv -hgrid 10x15 -ntasks 6 -nosmp -cc pgcc -fc pgf95
-fc_type pgi (這個是依照user guide的範例)
gmake
export CSMDATA=$HOME/inputdata
./build-namelist -test -ntasks 48 -config ./config_cache.xml -namelist
"$camexp stop_option='nyears', stop_n=1 /"
mpirun --machinefile ./hostfile -np 48 ./cam
*目前我遇到的問題
我有把我的一些問題post在官方論壇上
(http://forum.cgd.ucar.edu/showthread.php?2241-Problems-when-running-the-CAM5.0-alone)
1. 關於input
因為cesm官方給的svn連結
(https://svn-ccsm-inputdata.cgd.ucar.edu/trunk/inputdata/)裡面是將所以的input
檔案依照樹狀結構放成一個資料夾，我不知道該如何分離出裡面到底有幾個testcase，我
不知道要把哪幾個input檔案獨立出來才可以成為一個測資。我只知道在build-namelist
的時候可以加上-test，可是這樣它每次都只會產生同一組的input清單，所以我就只知道
這一組測資的組成檔案有哪些。
-----------------
Checking whether input datasets exist locally...
OK -- found depvel_file =
/home/albert7997/inputdata/atm/cam/chem/trop_mozart/dvel/depvel_monthly.nc
OK -- found tracer_cnst_filelist =
/home/albert7997/inputdata/atm/cam/chem/trop_mozart_aero/oxid/oxid_1.9x2.5_L26_clim_list.c090805.txt
.....
(剩下很多完整的檔案list我有post問題在
http://forum.cgd.ucar.edu/showthread.php?2241-Problems-when-running-the-CAM5.0-alone)
---------------------------------
2.如同上一個問題，我不知道每個input file代表的意義(大部分為.nc檔)&需要幾個檔
案才可以成為一個完整的測資。
我可以使用matlab, ncview, 或是用Netcdf中的ncdump指令讀到.nc檔中的變數名稱&
值，不過其他更深的我就不會了...
3. 我可以成功產生出每個月的output .nc檔案，不過我不知道對於一個output我應該
要從他解析出什麼資訊。
目前我正在研究如何使用AMWG，這應該是官方指定的diagnostic
software(http://www.cgd.ucar.edu/amp/amwg/diagnostics/)
4.在跑test這個測資的時候，我最多只能開到48 cores，我有去官方論壇發問，可是網
友回復的資訊我看不太懂他的意思。
他說因為我在configure的時候指定了-dyn fv -hgrid 10x15, 所以最多就只能夠48
(npr_yz=6,8,8,6)。
----------
When you supply the -ntasks argument to build-namelist the variable
npr_yz is automatically set (look in atm_in). Using "-ntasks 64" with the
10x15 grid produces npr_yz=4,16,16,4. This is a bug in the algorithm that is
setting npr_yz. It should just fail because the maximum number of tasks that
can be used with the 10x15 grid is 48 (npr_yz=6,8,8,6). The reason, as
explained in the namelist documentation for npr_yz, is that each x
(longitude) and each y (latitude) subdomain must contain 3 or more grid
points. With 19 latitudes and 24 longitudes that means there can be a maximum
of 6 y-subdomains and 8 x-subdomains.
----------
5.關於這個程式在要跑測資之前有沒有一些可以由使用者自行更改的參數可以使用??
我目前只知道可以用./build-namelist -namelist "$camexp 變數名稱=值 /"的方式
改變一些預設的參數
可是許多參數要改就牽扯到必須對這個程式的物理意義要有一定的了解...
Namelist
Variables(http://www.cesm.ucar.edu/cgi-bin/eaton/namelist/nldef2html-cam5_1_1)
這些大致上是我目前遇到的問題，真的很不好意思占用這麼多版面
※ 引述《mph (夢白)》之銘言：
: CAM 是由美國大氣研究中心(NCAR) 所研發的CCSM (Community Climate System Model)
: 裡面的大氣模式
: 最新版本加上地球系統模式，整體改名叫 CESM (Community Earth System Model)
: 你要找的東西叫做 scientific description
: 不知道你是用第幾版?
: cam3 跟 cam4不太一樣，裡面改進了如輻射與對流參數化的一些東西。
: cam3.0
: http://www.cesm.ucar.edu/models/atm-cam/docs/description/
: cam4.0:
: http://www.cesm.ucar.edu/models/ccsm4.0/cam/docs/description/cam4_desc.pdf
: 不太清楚你想問甚麼，可以把問題講清楚一點嗎?
: ※ 引述《albert7997 (德)》之銘言：
: : 各位版友好
: : 因為我本身是資工系的學生，可是我的專題需要用到
: : 關於大氣模擬的軟體CAM(Community Atmosphere Model)。
: : 因為我們學校沒有大氣相關領域，而我又一直找不到關於CAM的原理&物理意義文件。
: : 所以才想請問各位版友是否有人有相關的經驗，可以給我一些關於這軟體的建議。
: : 我現在對於如何解析這個軟體跑出來的output& cam這個model設計的物理原理& input
: : data的物理意義都有諸多問題。
: : 十分感謝
: : m(_ _)m
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