Re: [問題] 用system功能送job給cluster
我最近也用到 從R 下 system cmd
用R paste0 system 指令 裡面不能斷行
太長的 先 paste0 把命令斷成 2個 然後再拼
※ 引述《hkopee123 (..)》之銘言：
: [問題敘述]:
: 我有個R script長這樣
: 檔名是 Rcode.r
: 裡面包含
: system (paste ("qsub /path/test.sh", sep=""), ignore.stdout=T, wait=T )
: q("no")
: 我想使用這個 R script 送 shell script job 給 cluster 執行
: 我在 terminal 畫面打上
: $ rR Rcode.r
: 執行後卻出現 sh: qsub: command not found 的錯誤訊息
: 當我在terminal進入R畫面
: 直接打上一樣的 R script
: > system (paste ("qsub /path/test.sh", sep=""), ignore.stdout=T, wait=T )
: 我卻可以成功把job送出去
: 並且執行完成
: 我確定當我打$ qsub test.sh
: terminal可以正常的送job出去
: 但當我透過R 用system這功能送job時
: 卻回覆command not found的錯誤
: 為什麼會這樣呢??
: ps. 我也試過
: system (paste ("/usr/torque/bin/qsub /path/test.sh", sep=""),
: ignore.stdout=T, wait=T )
: 但一樣出現
: sh: /usr/torque/bin/qsub: No such file or directory
: [程式範例]:
: [環境敘述]:
: [關鍵字]:
:
: 選擇性，也許未來有用
:
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