Re: [問題] PERL 怎麼算 P VALUE

看板Perl作者abliou (把青春freeze)時間12年前 (2011/09/05 14:41)推噓3(3推 0噓 6→)

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※ 引述《sqrt1089 (李崩子)》之銘言： : 如題 : 數據: : 10 100 300 5000 : 25 100 300 5000 : 3 100 300 5000 : 59 100 300 5000 : 46 100 300 5000 : .... : ... : .. : . : 意思是說一個袋子裡全部有5000顆球，有300顆是白球，其它4700顆是黑球 : 我一次取100顆出來觀察，取n次，(n大概100次左右)。 : 第一次有10顆白球；第二次有25顆白球；第三次取到3顆，第四次取到59顆，...X100次 : 原本是有找到一個套件:use Math::GSL::Randist qw/:all/; : $p = gsl_ran_hypergeometric($r, $n1, $n2, $t); : 但這個模組一直灌不起來。 : 最後改用:use Statistics::R; : 但是去測試後發現好慢，原因是我一次丟四個數字給他， : 他回傳一個 P_VALUE (或是 1- P_VALUE) 回來 : 假設我取 n 次，就會丟 n 次的四個數字給副程式 : 這樣的話副程式就做了N次的開檔關檔的工作。<<<原因就是出在這 : 有什麼辦法可以改善呢？謝謝。 : #### : 程式碼如下： : open (FH,"test.txt")||die";#test.txt 就是約100X4的數據如最上面 : while(<FH>){ : chomp; : .. : . : $pvalue = &hypergeometric($get,$input,$included,$total); : print $pvalue; : } : sub hypergeometric { : my $common = shift; : $common_gene -= 1; : my $g1 = shift; : my $g2 = shift; : my $whole = shift; : my $no_g1 = $whole - $g1; : my $R = Statistics::R->new(); : $R->startR; : $R->send(qq` : x <- 0:$common; N1 <- $g1 \n : N2 <- $no_g1; n <- $g2 \n : ans=cumsum(dhyper(x,N1,N2,n)) \n : print(ans) : `); : my $result = $R->read; : my @value = split " ", $result; : my $last_value = pop @value; : my $ans = 1-$last_value; : $R->stopR(); : return $ans; : } 感覺寫的很模糊所以也沒辦法答的很清楚現在假設你是要用t-test來求p-value好了也許你可以嘗試一些比較專門的統計模組 http://search.cpan.org/~yunfang/Statistics-TTest-1.1.0/TTest.pm http://search.cpan.org/~swansun/Statistics-Distributions-Analyze-0.01 /lib/Statistics/Distributions/Analyze.pm http://search.cpan.org/~mglee/Statistics-DependantTTest-0.03/DependantTTest.pm http://search.cpan.org/~maggiexyz/PDL-Stats-0.5.5/Basic/stats_basic.pp 看你目前寫的程式碼應該是使用R的interface跟perl做連結如果很堅持要這麼使用那就只好修改你send的指令然後在傳回perl做處理不過如果你真的有這本事我想直接用R處理會比較快要不然就多開幾個執行緒平行跑吧反正你每次實驗都是一個獨立的個體 -- 如果青春注定要向前跑他媽的...那我的出口在那? -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.113.0.109

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sqrt1089

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