Re: [討論] 處理 pdb 檔案持續出現 error
自己回一下
pdbread(), pdbwrite() 都有 bug
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pdbread() 的 bug 是在讀 CONECT 的部份
正常來說，
CONECT2816326398264212670126707
應該要讀成 [28163] 和 [26398 26421 26701 26707]
但是 pdbread() 會讀成 [28163] 和 [26398264212670126707]
到至後面的數字超過32位元的整數上限，變成 2147483647
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解法：
在 pdbread.m，Line 1108 的地方，將
OutList = sscanf(str,'%d')';
改成
OutList = sscanf(InString,'%5d')';
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pdbwrite() 的 bug 是在寫入 SEQRES 的地方
MATLAB 預設，一條氨基酸序列不會超過100行(共1287個氨基酸)
所以只預留兩位數給行數的編號，e.g.
SEQRES 71 A 1733 SER LEU LEU GLU SER GLY SER GLU ILE LEU GLY ASP LEU
SEQRES 72 A 1733 LYS LEU GLN VAL LEU LEU ASP GLU GLU TYR LYS GLN LEU
SEQRES 73 A 1733 VAL LYS ASP ARG LYS PHE LEU ARG GLU VAL PHE VAL ASP
但是其實大型蛋白質分子常常會有幾條超過100行，
導致 MATLAB 在 parsing 的時候變得亂七八糟
呼叫 reshape() 就 GG
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解法：
在 pdbwrite.m 的 Line 346 將
sprintf('SEQRES %2d ',1:no_of_lines)
改成
sprintf('SEQRES %3d ',1:no_of_lines) %請注意要少一個空格
還有在 Line 354 將
'SEQRES %2d %c %4d '
也一樣改成
'SEQRES %3d %c %4d '
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其實 molviewer.m 跟 pdbwrite.m 有一樣的 bug
但是你只要先將 pdbstruct 用剛剛改好的 pdbwrite() 存成檔案
然後 molviewer() 直接讀檔案而不是讀 pdbstruct 就沒有問題了，不需要改
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推
02/22 10:06, , 1F
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